<br><br>----- Original Message -----<br>From: Nimesh Jain &lt;nimeshjain2010@u.northwestern.edu&gt;<br>Date: Friday, August 27, 2010 0:15<br>Subject: [gmx-users] RE: Molecule out of pbc box<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Does anyone know if there is a way to put a molecule back in the pbc box in gromacs. I am visualizing my sims in vmd and the molecule keeps going out of the box. Is it normal or an artifact in vmd, is there a way to put the molecule back in the box? please let me know.<br><br>Yes. See http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions<br><br>Mark<font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font>