<html>
<body>
<div style='font: 12pt sans-serif;'>
  
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
    
  
  Hi all!
  <br />there is a question about g_wham from gmx 4.0.5. I am integrating trajectory of dissociation of protein-DNA complex. All goes well but PMF profile from g_wham looks as straight  line. Double check of pullf and pullx files showed that mdrun worked properly, forces are OK and reasonably distributed. It looks like g_wham can't sample data properly or I do something wrong. My pull code:
  <br />
  
  
  
  <p>
    <span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">pull           = umbrella
    <br />pull_geometry  = distance
    <br />pull_dim       = Y Y Y
    <br />pull_start     = yes
    <br />pull_ngroups   = 1
    <br />pull_group0    = dna
    <br />pull_group1    = rot
    <br />pull_init1     = 0.0
    <br />pull_rate1     = 0.0
    <br /></span>
  </p>
  <p>
    <span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;">pull_k1        = 1000</span>
  </p>Output of g_wham:
  <br />
  
  
  
  <p>
    <span style="font-family: &quot;Courier New&quot;;"># This file was created Fri Aug 27 16:07:45 2010
    <br /># by the following command:
    <br /># g_wham_d -it ug5d_it.dat -if ug5d_if.dat
    <br />#
    <br /># g_wham_d is part of G R O M A C S:
    <br />#
    <br /># Grunge ROck MAChoS
    <br />#
    <br />@    title "Umbrella potential"
    <br />@    xaxis label "z"
    <br />@    yaxis label "E (kJ mol\S-1\N)"
    <br />@TYPE xy
    <br />3.105821e+00      0.000000e+00
    <br />3.122188e+00      -1.690245e+03
    <br />3.138555e+00      -1.690245e+03
    <br />3.154921e+00      -1.690245e+03
    <br /></span>
  </p>... and so on till end of file
  <br />
  <br />Any help/ides/solutions are so appreciated!
  <br />Regards,
  <br />Alex
  <br />
  <br />


</div></body>
</html>