<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I am simulating a system of a protein in water. I am trying to run the simulation with a modified protein-water LJ and coulomb interaction. Since LJ and  coulomb interaction parameters are defined at the atomic level in the forcefield files, I cannot figure out a good way to modify them for protein-water interactions specifically. In other words, I want to modify the protein water interaction without altering protein-protein interaction.</div>


<div> </div>
<div>Pooja</div>
<div><br> </div>
<div class="gmail_quote">On Tue, Aug 24, 2010 at 8:31 AM, Florian Dommert <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>Hash: SHA1<br>
<div class="im"><br>On 08/24/2010 02:27 PM, Sai Pooja wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt;<br>&gt; If there are n types of atoms in protein, how does one specify:<br>&gt; 1) Different types of LJ non-bonded interactions for different pairs?<br>

&gt; 2) Modified Coloumb(by a pre-multiplier) interactions for different pairs?<br>&gt;<br>&gt; Pooja<br>&gt;<br>&gt;<br><br></div>Hi,<br><br> this can be defined in the top file. Take a look at the manual<br>regarding the force field and different function types for the nonbonded<br>

interactions. This will surely help.<br><br>/Flo<br><br>- --<br>Florian Dommert<br>Dipl.-Phys.<br><br>Institute for Computational Physics<br><br>University Stuttgart<br><br>Pfaffenwaldring 27<br>70569 Stuttgart<br><br>Phone: +49(0)711/685-6-3613<br>

Fax:   +49-(0)711/685-6-3658<br><br>EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br>

-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br>Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux)<br>Comment: Using GnuPG with Mozilla - <a href="http://enigmail.mozdev.org/" target="_blank">http://enigmail.mozdev.org/</a><br><br>iEYEARECAAYFAkxzu7wACgkQLpNNBb9GiPlGAQCghZWQobj9j2SqvYC1gU5e3QR9<br>

WVQAnAjv9tZ6xGRhc+S1vSSQh9kek4xZ<br>=T+Yb<br>-----END PGP SIGNATURE-----<br>
<div>
<div></div>
<div class="h5">--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>