<br><br>----- Original Message -----<br>From: pojeda@icp.uni-stuttgart.de<br>Date: Saturday, August 28, 2010 2:11<br>Subject: [gmx-users] Saving velocities<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; Does anybody knows how to save the velocities of a group of particles<br>&gt; every N time steps without having to write the .trr file for the whole<br>&gt; system? I mean my system has two kinds of molecules say A and <br>&gt; water what<br>&gt; I want is to save the velocities for the atoms in the molecule A<br>&gt; every certain number of steps. The .trr file seems to be very big.<br>&gt; Therefore I just want to write the velocities of the molecule A which<br>&gt; is small.<br><br>It can't be done inside mdrun. The best you can do is use trjconv on the full .trr to select only the desired group, having defined a suitable index group first. Then you can discard the full .trr.<br><br>Mark