<html>
<body>
<div style='font: 12pt sans-serif;'>
  
    
  
  Hi Justin!
  <div>Thank you for replay. My histogram (can send if required) consists of 13 windows (0.1 and 0.2nm sampling) and look like two peaks (with amplitudes 3-4e+2) separated with a valley of 1.2-1.5e+2 (my protein has two sub-domains so should be OK) and smallest overlap between windows is 1e+2 by amplitude. So I am expecting something like M-shaped PMF profile instead of flat line. Can the problem be in directions of pulling code as I am using a distance as reaction coordinate, not an axis?
  <br /></div>Regards,
  <br />Alex
  <br />
  <br />
  <br />
  <blockquote class="ukr_editor_quotation" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;">alexander yakovenko wrote:
  <br />&gt; Hi all!
  <br />&gt; there is a question about g_wham from gmx 4.0.5. I am integrating
  <br />&gt; trajectory of dissociation of protein-DNA complex. All goes well but PMF
  <br />&gt; profile from g_wham looks as straight line. Double check of pullf and
  <br />&gt; pullx files showed that mdrun worked properly, forces are OK and
  <br />&gt; reasonably distributed. It looks like g_wham can't sample data properly
  <br />&gt; or I do something wrong. My pull code:
  <br />&gt;
  <br />&gt; pull = umbrella
  <br />&gt; pull_geometry = distance
  <br />&gt; pull_dim = Y Y Y
  <br />&gt; pull_start = yes
  <br />&gt; pull_ngroups = 1
  <br />&gt; pull_group0 = dna
  <br />&gt; pull_group1 = rot
  <br />&gt; pull_init1 = 0.0
  <br />&gt; pull_rate1 = 0.0
  <br />&gt;
  <br />&gt; pull_k1 = 1000
  <br />&gt;
  <br />&gt; Output of g_wham:
  <br />&gt;
  <br />&gt; # This file was created Fri Aug 27 16:07:45 2010
  <br />&gt; # by the following command:
  <br />&gt; # g_wham_d -it ug5d_it.dat -if ug5d_if.dat
  <br />&gt; #
  <br />&gt; # g_wham_d is part of G R O M A C S:
  <br />&gt; #
  <br />&gt; # Grunge ROck MAChoS
  <br />&gt; #
  <br />&gt; @ title "Umbrella potential"
  <br />&gt; @ xaxis label "z"
  <br />&gt; @ yaxis label "E (kJ mol\S-1\N)"
  <br />&gt; @TYPE xy
  <br />&gt; 3.105821e+00 0.000000e+00
  <br />&gt; 3.122188e+00 -1.690245e+03
  <br />&gt; 3.138555e+00 -1.690245e+03
  <br />&gt; 3.154921e+00 -1.690245e+03
  <br />&gt;
  <br />&gt; ... and so on till end of file
  <br />&gt;
  <br />&gt; Any help/ides/solutions are so appreciated!
  <br />&gt; Regards,
  <br />&gt; Alex
  <br />&gt;
  <br />
  <br />What does your histogram look like? Do you have sufficient overlap between
  <br />neighboring windows?
  <br />
  <br />-Justin</blockquote>
  <div>
    <br />
  </div>


</div></body>
</html>