<br><br>----- Original Message -----<br>From: ms &lt;devicerandom@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, August 30, 2010 10:15<br>Subject: Re: [gmx-users] Re: NPT simulation<br>To: jalemkul@vt.edu, Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; On 29/08/10 19:39, Justin A. Lemkul wrote:<br>&gt; <br>&gt; &gt;When dividing the energy of a system by the number of molecules <br>&gt; (in a<br>&gt; &gt;homogeneous system), you are extracting what I believe is commonly<br>&gt; &gt;referred to as "configurational energy" which, for relatively simple<br>&gt; &gt;systems, should converge fairly quickly. The reason your total energy<br>&gt; &gt;values increase with system size is a simple matter of <br>&gt; potential energy.<br>&gt; &gt;More interactions mean that the magnitude of the potential will<br>&gt; &gt;increase, and likewise with the kinetic energy, more particles <br>&gt; that have<br>&gt; &gt;velocity imply a greater sum.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;You can convince yourself of this fact by running relatively short<br>&gt; &gt;simulations of water boxes, using, i.e. spc216.gro and then a larger<br>&gt; &gt;construct from it. Within a few hundred ps, you should get reasonably<br>&gt; &gt;converged configurational energies, though of course the total energy<br>&gt; &gt;will be larger simply by virtue of the system size.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;Energies are in kJ/mol, no question. The extrapolation would be <br>&gt; that a<br>&gt; &gt;mole of a given species in the given configuration would have this<br>&gt; &gt;energy in kJ. For a single molecule, the energy is whatever <br>&gt; value you<br>&gt; &gt;obtain divided by Avogadro's number, which is a relatively <br>&gt; unimportant&gt;quantity if you are interested in bulk dynamics.<br>&gt; <br>&gt; Wait, now I am confused too.<br>&gt; I always understood that energy was meant as kJ/mol for a mol of <br>&gt; my *system*, that is, if I have a box with 10 identical <br>&gt; molecules, then I g_energy gives me out the energies of that *box*.<br><br>Yes, that's right. I don't think Justin contradicted that statement.<br><br>Expressing energies in kJ/mol is just a convenience. It does not imply size independence - see my earlier post.<br><br>Mark