<br><br>----- Original Message -----<br>From: abdullah ahmed &lt;abdullah_renk_ahmed@hotmail.com&gt;<br>Date: Friday, August 27, 2010 20:28<br>Subject: [gmx-users] Internal Density<br>To: gmx &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><span><p>  <style><!-- .hmmessage P { margin:0px; padding:0px } body.hmmessage { font-size: 10pt; font-family:Tahoma } --></style> <table><tbody><tr><td class="hmmessage"><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Dear all, <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have 2 structures similar to a Beta-turn where the inside is hydrophobic, and I would like to find the density of just this part of the strucuture. More specifically, <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>both structure are identical expect for one mutation. One of the structures contains 2 glycines facing each other and the other contains a glycine facing a tryptophan.&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I would like to know if there is a functionality in gromacs that can measure the difference of density between the two strucutres.&nbsp;</p><p><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></p><p>First, you have to be able to define the volume of your region of interest. That will be neither easy nor unique. Presumably you want this local density as a surrogate for some other observable. Perhaps there is a better surrogate available...</p><p><br></p><p>Mark<br></p></td></tr></tbody></table></p></span>