<div><br>Thanks Mark. I have just 2 more queries regarding this.</div>
<div> </div>
<div><strong>When using tables for the potential, </strong></div>
<div> </div>
<div>1) For VdW interactions, it it alright to use the topology file generated by pdb2gmx using a forcefield (eg. CHARMM27) which specifies LJ paramters as &#39;sigma&#39; and &#39;epsilon&#39; instead of C6 and C12 as in the case of user defined potentials?</div>


<div> </div>
<div>I ask this because I get a warning when I try to do the above:</div>
<div>:WARNING 2 [file initffd.top, line 8082]:<br>  Using sigma/epsilon based combination rules with user supplied potential<br>  function may produce unwanted results<br></div>
<div> </div>
<div>2) If one is interested in using PME for electrostatic interactions but with different electrostatic interaction functions for different pairs of energygrps, is it alright to specify the simple coulomb function in the user defined table and use the PME-User option for coulombtype?<br>

</div>
<div>Pooja</div>
<div> </div>
<div> </div>
<div class="gmail_quote">On Sun, Aug 29, 2010 at 7:54 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im"><br><br>----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;<a href="mailto:saipooja@gmail.com" target="_blank">saipooja@gmail.com</a>&gt;<br>Date: Monday, August 30, 2010 3:33<br>Subject: Re: [gmx-users] LJ potential<br>

To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><br>
<div><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Hi,</div>
<div><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font> </div><br></div>
<div class="gmail_quote">
<div class="im"><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>I am simulating a system of a protein in water. I am trying to run the simulation with a modified protein-water LJ and coulomb interaction. Since LJ and  coulomb interaction parameters are defined at the atomic level in the forcefield files, I cannot figure out a good way to modify them for protein-water interactions specifically. In other words, I want to modify the protein water interaction without altering protein-protein interaction.<br>

<br></div>Right, that&#39;s totally different from your first question, which implied only protein and thus intra-molecular interactions. When seeking help, you should make sure you  make a complete description the first time, lest you waste everybody&#39;s time and effort. That&#39;s easier said than done, but you managed to do it on the second attempt :-)<br>

<br>GROMACS allows you to use table lookups for non-bonded interactions, and to use different tables for interactions between different energy groups. So your problem reduces to generating the different tables and groups, and assigning tables to pairs of groups. Aspects of this process are discussed in several places in the manual.<br>

<font color="#888888"><br>Mark</font> 
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)"></font><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>On Tue, Aug 24, 2010 at 8:31 AM, Florian Dommert <span dir="ltr">&lt;<a>dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid"><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Hash: SHA1<br>
<div><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>On 08/24/2010 02:27 PM, Sai Pooja wrote:<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt; Hi,<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt;<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt; If there are n types of atoms in protein, how does one specify:<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt; 1) Different types of LJ non-bonded interactions for different pairs?<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt; 2) Modified Coloumb(by a pre-multiplier) interactions for different pairs?<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt;<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt; Pooja<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt;<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>&gt;<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

</div><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Hi,<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font> this can be defined in the top file. Take a look at the manual<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>regarding the force field and different function types for the nonbonded<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>interactions. This will surely help.<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>/Flo<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>- --<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Florian Dommert<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Dipl.-Phys.<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Institute for Computational Physics<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>University Stuttgart<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Pfaffenwaldring 27<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>70569 Stuttgart<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Phone: +49(0)711/685-6-3613<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Fax:   +49-(0)711/685-6-3658<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>EMail: <a>dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Version: GnuPG v1.4.10 (GNU/Linux)<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Comment: Using GnuPG with Mozilla - <a href="http://enigmail.mozdev.org/" target="_blank">http://enigmail.mozdev.org/</a><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>iEYEARECAAYFAkxzu7wACgkQLpNNBb9GiPlGAQCghZWQobj9j2SqvYC1gU5e3QR9<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>WVQAnAjv9tZ6xGRhc+S1vSSQh9kek4xZ<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>=T+Yb<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>-----END PGP SIGNATURE-----<br>
<div>
<div></div>
<div><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>--<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>gmx-users mailing list    <a>gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank"><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>www interface or send it to <a>gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>

</div></div></blockquote></div></div></div>
<div>
<div></div>
<div class="h5"><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br clear="all">

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font><br><font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>-- <br>

<font style="FONT-WEIGHT: normal; FONT-SIZE: 14px; FONT-STYLE: normal; BACKGROUND-COLOR: rgb(245,248,240)">&gt; </font>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div></div>&gt; -- <br>
<div>
<div></div>
<div class="h5">&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>

&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a> </div>

</div><br>--<br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>