<html>
<body>
<div style='font: 12pt sans-serif;'>
  
    
  
  Yep, my case is b  :(... Gromacs do writes pullx as ref COM global coords and pull COM displacement. And I still don't realize what is force value in pullf but it gives identical results for both -if and -ix options of g_wham. And g_wham do works OK at least for 2 waters separation in 0.3-1nm scale... probably my run should produce snaps more frequently, say each ps... will try this.
  <br />Regards,
  <br />Alex
  <br />
  <br />
  <blockquote class="ukr_editor_quotation" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;">Sorry Alex, but there is no good substitute what I have already
  <br />suggested. I helped you find a lead and I suggested a way to simplify
  <br />your system to discover what is going on. Now it's up to you to do
  <br />that work.
  <br />
  <br />It might end up being a bug, but I doubt it. I have done things
  <br />similar to what you are doing and have no problems. And even if it is
  <br />a bug, then the developers will need you to find a simple version of
  <br />the problem in any event.
  <br />
  <br />Make the water box, pull two waters, try to match up the force and
  <br />energy values from your pull output files.
  <br />
  <br />Note that you have forgotten the 1/2 factor in your energy function so
  <br />there is no factor of 2 in your force. Also, the force is the negative
  <br />derivative. Check the manual for the exact equations.
  <br />
  <br />Chris.
  <br />
  <br />Quoting alexander yakovenko &lt;yakovenko_a@ukr.net&gt;:
  <br />
  <br />&gt; It is 2 options why I can’t understand relation between pullf and
  <br />&gt; pullx: either I have no imagine how they should related or they
  <br />&gt; related so that one can’t even imagine (say due to bug or file
  <br />&gt; format). Till now my view was that we need a force to keep two
  <br />&gt; molecules at asked separation. The force is F=2*k*x (or 2*k*|r| in
  <br />&gt; case of Y Y Y) and work spent on this is k*x^2. Thus in pullx we
  <br />&gt; have either a) coordinates of COMs of both groups or b) COM of
  <br />&gt; reference group and relative displacement of pulling group and in
  <br />&gt; pullf we have 2*k*x values. The problem is that I can’t substitute
  <br />&gt; data from pullx so to get data from pullf and thus I don’t realize
  <br />&gt; these relations. Say pullx line is 11984.0000
  <br />&gt;
  <br />&gt; 3.12086 4.37951 -1.63297 1.98567 2.64212
  <br />&gt; -3.25943 so |r| is a) 4.641936 if dx, dy and dz are displacements
  <br />&gt; or b) 2.63676933 if dx, dy and dz are just coordinates of
  <br />&gt; pulling group COM. Suggesting |ro| to be 2.383+1.0=3.383 nm
  <br />&gt; (equilibrated complex position + displacement of 1.0 nm) and k=1000
  <br />&gt; kJ/mol/nm^2 we have force of a) 9283.871 or b)
  <br />&gt; 5273.53865 kJ/mol/nm. Unfortunately neither of these values
  <br />&gt; looks like 332.586 from pullf file... So can you please help
  <br />&gt; me to choose my option: a) mdrun is corrupted, b) I don’t
  <br />&gt; understand what I am doing or c) pullf and pullx writes some
  <br />&gt; specific format of output that should be processed by g_wham to
  <br />&gt; make some sense? Because if it is a) I have to post bugzilla, if b)
  <br />&gt; I have to deal with water, if c) I have to post gromacs-users in
  <br />&gt; order to launch g_wham.
  <br />&gt;
  <br />&gt; Regards,
  <br />&gt;
  <br />&gt; Alex
  <br />&gt;
  <br />&gt; &gt;
  <br />&gt;
  <br />&gt; &gt;
  <br />&gt;
  <br />&gt; So now we have the first real lead. Next is for you to simplify your
  <br />&gt; system to the point where you *can* understand the relationship
  <br />&gt; between the pullf and pullx files. For example, I always suggest a
  <br />&gt; water bath of explicit water with the sd integrator and apply the pull
  <br />&gt; code to two waters.
  <br />&gt;
  <br />&gt; It's time for you to bash your head against this one on your own until
  <br />&gt; you can find a simple system that has no problem and then a slightly
  <br />&gt; more complex system that has the problem. Bring those back to the list
  <br />&gt; and we can help again if you can;t figure it out.
  <br />&gt;
  <br />&gt; PS: you should file a bugzilla or otherwise try to get the gromacs
  <br />&gt; list fixed so that you can post directly.
  <br />&gt;
  <br />&gt; Chris.
  <br />&gt;
  <br />&gt; Quoting alexander yakovenko &lt; yakovenko_a@ukr.net &gt;:
  <br />&gt;
  <br />&gt; &gt; Sorry for mixing things, I do pull into N Y N direction and then
  <br />&gt; &gt; performed umbrella simulation at Y Y Y for each distances window.
  <br />&gt; &gt; This is very good question, actually I don't realize it too. The only
  <br />&gt; &gt; thing what I can say is that I haven't edited/renamed these files,
  <br />&gt; &gt; just copy them. So this is pure output of mdrun, hopes it knows what
  <br />&gt; &gt; it writes... I can provide a tpr of a window for example so you can
  <br />&gt; &gt; check couple first strings (for reproduction, I carried out all
  <br />&gt; &gt; calculations on 8x Xeons@2.66 workstations).
  <br />&gt; &gt; Alex
  <br />&gt; &gt; &gt;
  <br /></blockquote>
  <br />


</div></body>
</html>