<br><br>----- Original Message -----<br>From: Nilesh Dhumal &lt;ndhumal@andrew.cmu.edu&gt;<br>Date: Tuesday, August 31, 2010 12:42<br>Subject: [gmx-users] g_hbond<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hello,<br>&gt; I have a system with a glucose molecule and 256 water molecules.<br>&gt; I want to find out the number of hydrogen bond between the <br>&gt; hydrogen atom<br>&gt; of OH group of glucose and the oxygen atom of water.<br>&gt; How can I&nbsp; make the index file.<br><br>Start here http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/make_ndx<br><br>Mark