Today, I have made similar observations and recorded them in the Bugzilla database here http://bugzilla.gromacs.org/show_bug.cgi?id=539<br><br>For now, I do not think cmake works properly. autotools have been fine for me, however.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Christian Mücksch &lt;muecksch@rhrk.uni-kl.de&gt;<br>Date: Thursday, September 2, 2010 19:26<br>Subject: [gmx-users] Problem with installing mdrun-gpu in Gromacs-4.5<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; &nbsp;Dear all,<br>&gt; <br>&gt; so I downloaded Gromacs-4.5 and tried to compile the gpu-version <br>&gt; with cmake version 2.8.0 as stated in the gpu installation <br>&gt; instructions as<br>&gt; <br>&gt; export OPENMM_ROOT_DIR=/usr/local/openmm<br>&gt; cmake -DGMX_OPENMM=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/GROMACS_4.5<br>&gt; make mdrun<br>&gt; make install-mdrun<br>&gt; <br>&gt; But I get a few errors:<br>&gt; <br>&gt; -----------------------------------------------------------------<br>&gt; --------------------<br>&gt; -- The C compiler identification is GNU<br>&gt; -- The CXX compiler identification is GNU<br>&gt; -- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc<br>&gt; -- Check for working C compiler: /usr/bin/gcc -- works<br>&gt; -- Detecting C compiler ABI info<br>&gt; -- Detecting C compiler ABI info - done<br>&gt; -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++<br>&gt; -- Check for working CXX compiler: /usr/bin/c++ -- works<br>&gt; -- Detecting CXX compiler ABI info<br>&gt; -- Detecting CXX compiler ABI info - done<br>&gt; -- CTest cannot determine repository type. Please set <br>&gt; UPDATE_TYPE to 'cvs' or 'svn'. CTest update will not work.<br>&gt; CMake Error at /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:702 (message):<br>&gt; &nbsp; CPack license resource file:<br>&gt; &nbsp; "/home/c_muecksch/gpu_Install_Linux/gromacs-<br>&gt; 4.5/admin/InstallLicense.txt"&nbsp; could not be found.<br>&gt; Call Stack (most recent call first):<br>&gt; &nbsp; /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:707 <br>&gt; (cpack_check_file_exists)&nbsp; CMakeLists.txt:40 (include)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; CMake Error at /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:702 (message):<br>&gt; &nbsp; CPack readme resource file:<br>&gt; &nbsp; "/home/c_muecksch/gpu_Install_Linux/gromacs-<br>&gt; 4.5/admin/InstallInfo.txt"&nbsp; could not be found.<br>&gt; Call Stack (most recent call first):<br>&gt; &nbsp; /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:708 <br>&gt; (cpack_check_file_exists)&nbsp; CMakeLists.txt:40 (include)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; CMake Error at /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:702 (message):<br>&gt; &nbsp; CPack welcome resource file:<br>&gt; &nbsp; "/home/c_muecksch/gpu_Install_Linux/gromacs-<br>&gt; 4.5/admin/InstallWelcome.txt"&nbsp; could not be found.<br>&gt; Call Stack (most recent call first):<br>&gt; &nbsp; /usr/share/cmake-2.8/Modules/CPack.cmake:709 <br>&gt; (cpack_check_file_exists)&nbsp; CMakeLists.txt:40 (include)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_WARN<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_WARN - Success<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_EXCESS_PREC<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_EXCESS_PREC - Failed<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_COPT<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_COPT - Success<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_NOINLINE<br>&gt; -- Performing Test CFLAGS_NOINLINE - Success<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_WARN<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_WARN - Success<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_EXCESS_PREC<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_EXCESS_PREC - Failed<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_COPT<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_COPT - Success<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_NOINLINE<br>&gt; -- Performing Test CXXFLAGS_NOINLINE - Success<br>&gt; -- No external FFT libraries needed for the OpenMM build, using <br>&gt; fftpack!-- Threads not compatible with OpenMM build, disabled!<br>&gt; CMake Warning at CMakeLists.txt:183 (message):<br>&gt; &nbsp; CPU-based acceleration turned off, OpenMM does not <br>&gt; support/need any!<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STRING_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STRING_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_MATH_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_MATH_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_LIMITS_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_LIMITS_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_MEMORY_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_MEMORY_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_UNISTD_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_UNISTD_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PWD_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PWD_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STDINT_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STDINT_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STDLIB_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_STDLIB_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PTHREAD_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PTHREAD_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_DIRENT_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_DIRENT_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_INTTYPES_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_INTTYPES_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_REGEX_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_REGEX_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_TYPES_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_TYPES_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_STAT_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_STAT_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_TIME_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SYS_TIME_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_RPC_RPC_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_RPC_RPC_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_RPC_XDR_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_RPC_XDR_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_XMMINTRIN_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_XMMINTRIN_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_EMMINTRIN_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_EMMINTRIN_H - found<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PMMINTRIN_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_PMMINTRIN_H - not found.<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SMMINTRIN_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_SMMINTRIN_H - not found.<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_IO_H<br>&gt; -- Looking for include files HAVE_IO_H - not found.<br>&gt; -- Looking for strcasecmp<br>&gt; -- Looking for strcasecmp - found<br>&gt; -- Looking for strdup<br>&gt; -- Looking for strdup - found<br>&gt; -- Looking for vprintf<br>&gt; -- Looking for vprintf - found<br>&gt; -- Looking for memcmp<br>&gt; -- Looking for memcmp - found<br>&gt; -- Looking for posix_memalign<br>&gt; -- Looking for posix_memalign - found<br>&gt; -- Looking for memalign<br>&gt; -- Looking for memalign - found<br>&gt; -- Looking for _aligned_malloc<br>&gt; -- Looking for _aligned_malloc - not found<br>&gt; -- Looking for gettimeofday<br>&gt; -- Looking for gettimeofday - found<br>&gt; -- Looking for isnan<br>&gt; -- Looking for isnan - found<br>&gt; -- Looking for _isnan<br>&gt; -- Looking for _isnan - not found<br>&gt; -- Looking for isfinite<br>&gt; -- Looking for isfinite - not found<br>&gt; -- Looking for _isfinite<br>&gt; -- Looking for _isfinite - not found<br>&gt; -- Looking for fsync<br>&gt; -- Looking for fsync - found<br>&gt; -- Looking for _fileno<br>&gt; -- Looking for _fileno - not found<br>&gt; -- Looking for fileno<br>&gt; -- Looking for fileno - found<br>&gt; -- Looking for _commit<br>&gt; -- Looking for _commit - not found<br>&gt; -- Looking for sqrt in m<br>&gt; -- Looking for sqrt in m - found<br>&gt; -- Looking for cbrt in m<br>&gt; -- Looking for cbrt in m - found<br>&gt; -- Looking for stddef.h<br>&gt; -- Looking for stddef.h - found<br>&gt; -- Check size of bool<br>&gt; -- Check size of bool - failed<br>&gt; -- Check size of int<br>&gt; -- Check size of int - done<br>&gt; -- Check size of long int<br>&gt; -- Check size of long int - done<br>&gt; -- Check size of long long int<br>&gt; -- Check size of long long int - done<br>&gt; -- Check size of off_t<br>&gt; -- Check size of off_t - done<br>&gt; -- Check size of void *<br>&gt; -- Check size of void * - done<br>&gt; -- Check size of uid_t<br>&gt; -- Check size of uid_t - done<br>&gt; -- Check size of gid_t<br>&gt; -- Check size of gid_t - done<br>&gt; -- Check size of size_t<br>&gt; -- Check size of size_t - done<br>&gt; -- Check size of off_t<br>&gt; -- Check size of off_t - done<br>&gt; -- Check if the system is big endian<br>&gt; -- Searching 16 bit integer<br>&gt; -- Check size of unsigned short<br>&gt; -- Check size of unsigned short - done<br>&gt; -- Using unsigned short<br>&gt; -- Check if the system is big endian - little endian<br>&gt; -- checking for module 'libxml-2.0'<br>&gt; --&nbsp;&nbsp; package 'libxml-2.0' not found<br>&gt; -- Could NOT find LibXml2&nbsp; (missing:&nbsp; <br>&gt; LIBXML2_LIBRARIES LIBXML2_INCLUDE_DIR)<br>&gt; -- Looking for XOpenDisplay in /usr/lib/libX11.so;/usr/lib/libXext.so<br>&gt; -- Looking for XOpenDisplay in <br>&gt; /usr/lib/libX11.so;/usr/lib/libXext.so - found<br>&gt; -- Looking for gethostbyname<br>&gt; -- Looking for gethostbyname - found<br>&gt; -- Looking for connect<br>&gt; -- Looking for connect - found<br>&gt; -- Looking for remove<br>&gt; -- Looking for remove - found<br>&gt; -- Looking for shmat<br>&gt; -- Looking for shmat - found<br>&gt; -- Looking for IceConnectionNumber in ICE<br>&gt; -- Looking for IceConnectionNumber in ICE - found<br>&gt; -- Found X11: /usr/lib/libX11.so<br>&gt; -- Found CUDA: /usr/local/cuda<br>&gt; -- Found OpenMM: /usr/local/openmm<br>&gt; -- Setting build user &amp; time<br>&gt; -- Setting build user &amp; time - OK<br>&gt; -- Checking floating point format<br>&gt; -- Checking floating point format - unknown<br>&gt; -- Checking for 64-bit off_t<br>&gt; -- Checking for 64-bit off_t - present<br>&gt; -- Checking for fseeko/ftello<br>&gt; -- Checking for fseeko/ftello - present<br>&gt; -- Checking for return type of signals<br>&gt; -- Checking for return type of signals - void<br>&gt; -- Checking for SIGUSR1<br>&gt; -- Checking for SIGUSR1 - found<br>&gt; -- Checking for inline keyword<br>&gt; -- Checking for inline keyword - inline<br>&gt; -- Checking for inline keyword<br>&gt; -- Checking for inline keyword - inline<br>&gt; -- Checking for pipe support<br>&gt; -- Checking for GCC x86 inline asm<br>&gt; -- Checking for GCC x86 inline asm - supported<br>&gt; -- Checking for MSVC x86 inline asm<br>&gt; -- Checking for MSVC x86 inline asm - not supported<br>&gt; -- Checking for system XDR support<br>&gt; -- Checking for system XDR support - present<br>&gt; -- Using internal FFT library - fftpack<br>&gt; CMake Warning (dev) at CMakeLists.txt:664 (add_subdirectory):<br>&gt; &nbsp; The source directory<br>&gt; <br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp; /home/c_muecksch/gpu_Install_Linux/gromacs-<br>&gt; 4.5/scripts<br>&gt; &nbsp; does not contain a CMakeLists.txt file.<br>&gt; <br>&gt; &nbsp; CMake does not support this case but it used to work <br>&gt; accidentally and is<br>&gt; &nbsp; being allowed for compatibility.<br>&gt; <br>&gt; &nbsp; Policy CMP0014 is not set: Input directories must have <br>&gt; CMakeLists.txt.&nbsp; Run<br>&gt; &nbsp; "cmake --help-policy CMP0014" for policy details.&nbsp; <br>&gt; Use the cmake_policy<br>&gt; &nbsp; command to set the policy and suppress this warning.<br>&gt; This warning is for project developers.&nbsp; Use -Wno-dev to <br>&gt; suppress it.<br>&gt; <br>&gt; -- Configuring incomplete, errors occurred!<br>&gt; -----------------------------------------------------------------<br>&gt; --------------------<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; When I use this -Wno-dev it does not work either. What am I <br>&gt; doing wrong?<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Kind regards,<br>&gt; Christian Muecksch<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php