<div>Hi, Justin, </div>
<div> </div>
<div>Thanks for your advice! Do I need to add this part:</div>
<div> </div>
<div>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>   1    1       1000       1000       1000<br>#endif</div>
<div>; Include generic topology for ions<br>#include &quot;ions.itp&quot;</div>
<div>[ system ]<br>; Name<br>Protein</div>
<div>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>SOL               216<br> </div>
<div>Thanks a lot!</div>
<div> </div>
<div>Yi<br><br></div>
<div class="gmail_quote">On Sat, Sep 4, 2010 at 11:21 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>
<div></div>
<div class="h5"><br><br>Yi Gao wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Hi, I used x2top to generate spc216.top. The spc216.gro file comes from Gromacs tutor directory. I use Gromacs 4.0.5 version. The command line is x2top -f scp216.gro -o scp216.top. The error message is<br>
<br>Can not find forcefield for atom OW-1 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-4 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-7 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-10 with 2 bonds<br>
Can not find forcefield for atom OW-13 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-16 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-19 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-22 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-25 with 2 bonds<br>
Can not find forcefield for atom OW-28 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-31 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-34 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-37 with 2 bonds<br>...<br>
-------------------------------------------------------<br>Program x2top, VERSION 4.0.5<br>Source code file: x2top.c, line: 207<br><br>Fatal error:<br>Could only find a forcefield type for 432 out of 648 atoms<br>-------------------------------------------------------<br>
<br><br>I don&#39;t want to use pdb2gmx to generate *.top file, because spc216 water is just a part of my system. Could anyone help me to resolve this problem? Thanks a lot!<br><br></blockquote><br></div></div>There is no need to do any of this.  Just #include &quot;spc.itp&quot; in your topology. See the manual for details, as well as:<br>
<br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Include_File_Mechanism" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Include_File_Mechanism</a><br><br>-Justin<br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Best,<br>Yi<br><br></blockquote><br>-- <br>========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>========================================<br><font color="#888888">-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></font></blockquote></div><br>