Hi, I used x2top to generate spc216.top. The spc216.gro file comes from Gromacs tutor directory. I use Gromacs 4.0.5 version. The command line is x2top -f scp216.gro -o scp216.top. The error message is<br><br>Can not find forcefield for atom OW-1 with 2 bonds<br>
Can not find forcefield for atom OW-4 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-7 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-10 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-13 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-16 with 2 bonds<br>
Can not find forcefield for atom OW-19 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-22 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-25 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-28 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-31 with 2 bonds<br>
Can not find forcefield for atom OW-34 with 2 bonds<br>Can not find forcefield for atom OW-37 with 2 bonds<br>...<br>-------------------------------------------------------<br>Program x2top, VERSION 4.0.5<br>Source code file: x2top.c, line: 207<br>
<br>Fatal error:<br>Could only find a forcefield type for 432 out of 648 atoms<br>-------------------------------------------------------<br><br><br>I don&#39;t want to use pdb2gmx to generate *.top file, because spc216 water is just a part of my system. Could anyone help me to resolve this problem? Thanks a lot!<br>
<br>Best,<br>Yi<br><br>