Hello Justin,<br><br>I have read help of the command I am using several times. My understanding is that g_polystat calculates Rg of 8 chains and takes the average if no specific index groups are selected. Below are the groups I have created for 8 chains. <br>
g_polystat -f *.trr -s *.tpr -o polystat-mw-xvgr-8group -n *.ndx -mw -xvgr -w -p persist.xvg<br>then chose 0 1 2 3 4 5 6 7 as se;ected groups. The point is Rg for this 8 molecules is similar to that When I select group 0 only. If Rg is the average of all chians over time  why is it giving Rg of first chain?<br>
<br>Also as for persistence lenght -h option says:<br>The chosen index group<br>should consist of atoms that are consecutively bonded in the polymer<br>mainchains. My groups start from atom 1 to 8*362 consecutively... Do you any clue why I am mot getting output file?<br>
<br><br clear="all">Group     0 (      PE60-1) has   362 elements<br>Group     1 (      PE60-2) has   362 elements<br>Group     2 (      PE60-3) has   362 elements<br>Group     3 (      PE60-4) has   362 elements<br>Group     4 (      PE60-5) has   362 elements<br>
Group     5 (      PE60-6) has   362 elements<br>Group     6 (      PE60-7) has   362 elements<br>Group     7 (      PE60-8) has   362 elements<br><br>Thank you<br>