Hello Justin,<br><br>Now I am using g_polystat for calculating Rg. However results are pretty similar to those obtained from g_gyrate. The command line I am using is<br><br>g_polystat -f *.trr -s *.tpr -o polystat-mw  -n *.ndx -mw -xvgr -w <br>
<br>- I noticed -mw option does not change Rg. Also When I choose all chains in index file Rg is exactly the same as choosinfg only the first chain! For other chains Rg is different. Is it possible to get average Rg of all chains? and compare with one single chain?<br>
- <br>- I tried to get persistent length as well but -p option is not working. the output file -p persist.xvg:<br><br>@TYPE xy<br>     0.000      nan<br>     0.100      nan<br>     0.200      nan<br>     0.300      nan<br>
     0.400      nan<br>     0.500      nan<br>     0.600      nan<br>     0.700      nan<br>     0.800      nan<br>     0.900      nan<br>. .<br>Thanks,<br>moeed<br>