<br><br>----- Original Message -----<br>From: Jianhui Tian &lt;jianhuitian@gmail.com&gt;<br>Date: Saturday, September 4, 2010 2:30<br>Subject: [gmx-users] Problem after tranferred CHARMM c36 to Gromacs<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Previously in gromacs, if you use Ryckaert-Bellemans type dihedrals, you must erase the 1-4 pairs. Now for 4.5-beta3 dihedral function type 9, how do you deal with the 1-4 pairs? Thanks.<br><br>The need to manage 1-4 pairs and exclusions is independent of the function type used to implement the dihedrals, but rather depends on force field settings. You will need to compare what NAMD is doing with the forcefield documentation and reproduce that with GROMACS.<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> ---------- Forwarded message ----------<br><div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From: <b class="gmail_sendername">Jianhui Tian</b> <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=jianhuitian@gmail.com')">jianhuitian@gmail.com</a>&gt;</span><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Date: Fri, Sep 3, 2010 at 10:17 AM<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Subject: Problem after tranferred CHARMM c36 to Gromacs<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>To: <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')">gmx-users@gromacs.org</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear GMX users,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am interested in using CHARMM c36 force field in Gromacs. I wrote a script to generate the ffcharmmbon.itp, ffcharmmnb.itp and molecule.itp file.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> After that, I compared the energy terms from Gromacs and NAMD. The bond, angle, dihedral, improper and electrostatic energy terms all agree well.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> However, there are big difference for VDW energy terms. Does anyone have any hint for what might be wrong? Thanks a lot.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>JH<br> </div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php