<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=x-gbk" http-equiv="Content-Type">

    <title></title>

  </head>

  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

    Hi,<br>

    <br>

    If I guess you correctly, you probably mean that when you look on

    your results (using VMD) it seems like it broken. If this is the

    case, you are OK, it might seems so but it is not, if you indeed

    used PBC.<br>

    <br>

    Best,<br>

    Itamar<br>

    <br>

    On 6/09/2010 6:25 PM, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:kecy_wu@sina.com">kecy_wu@sina.com</a> wrote:

    <blockquote

      cite="mid:20100906082519.89891358C2E@mail175-229.sinamail.sina.com.cn"

      type="cite">

      <p>&nbsp;Hello, I do the energy minimization of the butylene box , but

        some butylene molecules are broken after that. The butylene&nbsp;itp

        file is produced by PRODRG, as follows:</p>

      <p>&nbsp;</p>

      <p><em>[ moleculetype ]<br>

          ; Name nrexcl<br>

          BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</em></p>

      <p><em>[ atoms ]<br>

          ;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0049&nbsp;&nbsp;

          15.0350&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.02442&nbsp;

          14.0270&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07957&nbsp;

          13.0190&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.06005&nbsp;

          14.0270&nbsp;&nbsp; </em></p>

      <p><em>[ bonds ]<br>

          ; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br>

          &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

          C6&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

          C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

          C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p>

      <p><em>[ pairs ]<br>

          ; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br>

          &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

          C9&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p>

      <p><em>[ angles ]<br>

          ; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br>

          &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0

          ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <br>

          &nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0

          ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p>

      <p><em>[ dihedrals ]<br>

          ; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...<br>

          &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6 ;

          dih&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2 </em></p>

      <p><em></em>&nbsp;</p>

      <p>Can&nbsp; you show me why the butylene molecules would&nbsp; be broken?</p>

      <p>Thank you very much !</p>

      <p><em></em>&nbsp;</p>

    </blockquote>

    <br>

    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

"In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut

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| Itamar Kass, Ph.D.

| Postdoctoral Research Fellow

|

| Department of Biochemistry and Molecular Biology

| Building 77 Clayton Campus

| Wellington Road

| Monash University,

| Victoria 3800

| Australia

|

| Tel: +61 3 9902 9376

| Fax: +61 3 9902 9500

| E-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a>   

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</pre>

  </body>

</html>