Hi,<br><br>If you are using PBC, mdrun will sometimes write sets of coordinates such that molecules appear "broken" across periodic boundaries. See http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions for solution approaches.<br><br>Linear species can sometimes have other problems, which have been discussed on the mailing list before.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: kecy_wu@sina.com<br>Date: Monday, September 6, 2010 18:43<br>Subject: [gmx-users] the broken of the molecules<br>To: gmx-users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;Hello, I do the energy minimization of the butylene box , but some butylene molecules are broken after that. The butylene&nbsp;itp file is produced by PRODRG, as follows:</p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ moleculetype ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; Name nrexcl<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</em></p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ atoms ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0049&nbsp;&nbsp; 15.0350&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.02442&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07957&nbsp; 13.0190&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.06005&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; </em></p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ bonds ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ pairs ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ angles ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </em></p> <p><em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>[ dihedrals ]<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6 ; dih&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2 </em></p> <p><em></em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Can&nbsp; you show me why the butylene molecules would&nbsp; be broken?</p> <p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thank you very much !</p> <p><em></em><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</p>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php