<br><br>----- Original Message -----<br>From: Itamar Kass &lt;itamar.kass@monash.edu&gt;<br>Date: Monday, September 6, 2010 14:06<br>Subject: [gmx-users] Protein stability using MARTINI<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; &nbsp;HI all,<br>&gt; <br>&gt; I am simulating a protein in water using the MARTINI (CG) force <br>&gt; field. My protein composed of few alpha-helices and a big tail <br>&gt; (~50AA) which is random coiled. I have built the simulation <br>&gt; system according to the procedure at <br>&gt; http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tutorial/ubiquitin-in-<br>&gt; water .<br>&gt; <br>&gt; After a 10ns simulation, I have visualised the system using VMD. <br>&gt; It seems like the protein had dismantled to amino acids. I see <br>&gt; groups of bids moving freely in the system.<br><br>I'm not sure what you mean here, but it seems likely that VMD's heuristics for guessing where bonds between atoms might exist aren't going to work well for a coarse-grained protein. There's probably a standard solution, for which you should Google :-)<br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; Any idea of the problem? Any idea how to fix it?<br>&gt; <br>&gt; PS I don't want to use elastic network for the random coil tail, <br>&gt; as I wish to capture as much conformation as possible.<br>&gt; <br>&gt; Thanks in advance,<br>&gt; Itamar.<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; "In theory, there is no difference between theory and practice. <br>&gt; But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut<br>&gt; <br>&gt; ===========================================<br>&gt; | Itamar Kass, Ph.D.<br>&gt; | Postdoctoral Research Fellow<br>&gt; |<br>&gt; | Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>&gt; | Building 77 Clayton Campus<br>&gt; | Wellington Road<br>&gt; | Monash University,<br>&gt; | Victoria 3800<br>&gt; | Australia<br>&gt; |<br>&gt; | Tel: +61 3 9902 9376<br>&gt; | Fax: +61 3 9902 9500<br>&gt; | E-mail: Itamar.Kass@monash.edu<br>&gt; ============================================<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php