<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
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  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    <div bidimailui-direction-uniformity="ltr" dir="ltr"
      style="direction: ltr;" bidimailui-generated="true">Thanks Mark
      for the replay,
    </div>
    <div bidimailui-direction-uniformity="neutral"
      bidimailui-generated="true">
    </div>
    <br>
    <div bidimailui-direction-uniformity="ltr" dir="ltr"
      style="direction: ltr;" bidimailui-generated="true">I used VDW
      presentation to over come it.
    </div>
    <div bidimailui-direction-uniformity="neutral"
      bidimailui-generated="true">
    </div>
    <br>
    <div bidimailui-direction-uniformity="ltr" dir="ltr"
      style="direction: ltr;" bidimailui-generated="true">Best,
    </div>
    <div bidimailui-direction-uniformity="ltr" dir="ltr"
      style="direction: ltr;" bidimailui-generated="true">Itamar
    </div>
    <br>
    <br>
    On 6/09/2010 6:33 PM, Mark Abraham wrote:
    <blockquote cite="mid:fbb28bd8118d5.4c8533dc@anu.edu.au" type="cite"><br>
      <br>
      ----- Original Message -----<br>
      From: Itamar Kass <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:itamar.kass@monash.edu">&lt;itamar.kass@monash.edu&gt;</a><br>
      Date: Monday, September 6, 2010 14:06<br>
      Subject: [gmx-users] Protein stability using MARTINI<br>
      To: Discussion list for GROMACS users
      <a class="moz-txt-link-rfc2396E" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;</a><br>
      <br>
      &gt; &nbsp;HI all,<br>
      &gt; <br>
      &gt; I am simulating a protein in water using the MARTINI (CG)
      force <br>
      &gt; field. My protein composed of few alpha-helices and a big
      tail <br>
      &gt; (~50AA) which is random coiled. I have built the simulation <br>
      &gt; system according to the procedure at <br>
      &gt;
      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tutorial/ubiquitin-in">http://md.chem.rug.nl/cgmartini/index.php/tutorial/ubiquitin-in</a>-<br>
      &gt; water .<br>
      &gt; <br>
      &gt; After a 10ns simulation, I have visualised the system using
      VMD. <br>
      &gt; It seems like the protein had dismantled to amino acids. I
      see <br>
      &gt; groups of bids moving freely in the system.<br>
      <br>
      I'm not sure what you mean here, but it seems likely that VMD's
      heuristics for guessing where bonds between atoms might exist
      aren't going to work well for a coarse-grained protein. There's
      probably a standard solution, for which you should Google :-)<br>
      <br>
      Mark<br>
      <br>
      &gt; <br>
      &gt; Any idea of the problem? Any idea how to fix it?<br>
      &gt; <br>
      &gt; PS I don't want to use elastic network for the random coil
      tail, <br>
      &gt; as I wish to capture as much conformation as possible.<br>
      &gt; <br>
      &gt; Thanks in advance,<br>
      &gt; Itamar.<br>
      &gt; <br>
      &gt; -- <br>
      &gt; <br>
      &gt; <br>
      &gt; "In theory, there is no difference between theory and
      practice. <br>
      &gt; But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut<br>
      &gt; <br>
      &gt; ===========================================<br>
      &gt; | Itamar Kass, Ph.D.<br>
      &gt; | Postdoctoral Research Fellow<br>
      &gt; |<br>
      &gt; | Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>
      &gt; | Building 77 Clayton Campus<br>
      &gt; | Wellington Road<br>
      &gt; | Monash University,<br>
      &gt; | Victoria 3800<br>
      &gt; | Australia<br>
      &gt; |<br>
      &gt; | Tel: +61 3 9902 9376<br>
      &gt; | Fax: +61 3 9902 9500<br>
      &gt; | E-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a><br>
      &gt; ============================================<br>
      &gt; <br>
      &gt; -- <br>
      &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
      &gt; <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
      &gt; Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> <br>
      &gt; before posting!<br>
      &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
      <br>
      &gt; www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
      &gt; Can't post? Read
      <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 


"In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is." - Jan L.A. van de Snepscheut

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| Itamar Kass, Ph.D.
| Postdoctoral Research Fellow
|
| Department of Biochemistry and Molecular Biology
| Building 77 Clayton Campus
| Wellington Road
| Monash University,
| Victoria 3800
| Australia
|
| Tel: +61 3 9902 9376
| Fax: +61 3 9902 9500
| E-mail: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Itamar.Kass@monash.edu">Itamar.Kass@monash.edu</a>   
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  </body>
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