<P>&nbsp;Hello, I do the energy minimization of the butylene box , but some butylene molecules are broken after that. The butylene&nbsp;itp file is produced by PRODRG, as follows:</P>
<P>&nbsp;</P>
<P><EM>[ moleculetype ]<BR>; Name nrexcl<BR>BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3</EM></P>
<P><EM>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0049&nbsp;&nbsp; 15.0350&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.02442&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.07957&nbsp; 13.0190&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; BUT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; -0.06005&nbsp; 14.0270&nbsp;&nbsp; </EM></P>
<P><EM>[ bonds ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<BR>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.155&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.153&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp;&nbsp; 7150000.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </EM></P>
<P><EM>[ pairs ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </EM></P>
<P><EM>[ angles ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, ...<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 112.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 520.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; <BR>&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 125.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610.0 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; </EM></P>
<P><EM>[ dihedrals ]<BR>; ai&nbsp; aj&nbsp; ak&nbsp; al&nbsp; fu&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0, c1, m, ...<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0 6 ; dih&nbsp;&nbsp;&nbsp; C9&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp; C2 </EM></P>
<P><EM></EM>&nbsp;</P>
<P>Can&nbsp; you show me why the butylene molecules would&nbsp; be broken?</P>
<P>Thank you very much !</P>
<P><EM></EM>&nbsp;</P>