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<br><br>&gt; Date: Sat, 4 Sep 2010 17:50:46 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] g_polystat<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Moeed wrote:<br>&gt; &gt; Hello Justin,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I have read help of the command I am using several times. My <br>&gt; &gt; understanding is that g_polystat calculates Rg of 8 chains and takes the <br>&gt; &gt; average if no specific index groups are selected. Below are the groups I <br>&gt; &gt; have created for 8 chains.<br>&gt; &gt; g_polystat -f *.trr -s *.tpr -o polystat-mw-xvgr-8group -n *.ndx -mw <br>&gt; &gt; -xvgr -w -p persist.xvg<br>&gt; &gt; then chose 0 1 2 3 4 5 6 7 as se;ected groups. The point is Rg for this <br>&gt; &gt; 8 molecules is similar to that When I select group 0 only. If Rg is the <br>&gt; &gt; average of all chians over time  why is it giving Rg of first chain?<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; g_polystat does not accept multiple input groups, so if you're entering "0 1 2 <br>&gt; 3..." at the index prompt, then only group 0 is selected.  The tool will print <br>&gt; which group it is analyzing.  I think this is generally true for all Gromacs <br>&gt; tools.  Try analyzing a group that contains all your polymers.<br>&gt; <br>&gt; &gt; Also as for persistence lenght -h option says:<br>&gt; &gt; The chosen index group<br>&gt; &gt; should consist of atoms that are consecutively bonded in the polymer<br>&gt; &gt; mainchains. My groups start from atom 1 to 8*362 consecutively... Do you <br>&gt; &gt; any clue why I am mot getting output file?<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Not really.  But if you're including all atoms in the analysis, then you're not <br>&gt; analyzing main chain atoms, as the tool expects.  Try creating an index group of <br>&gt; only one molecule, and only its main chain (presumably non-H) atoms.  From the <br>&gt; description, it also sounds like the group selected should contain "atoms that <br>&gt; are consecutively bonded."  Whether or not that excludes the possibility of <br>&gt; analyzing multiple molecules at once, I don't know, but atoms that are not <br>&gt; consecutively bonded should not be included in the analysis.<br><br>For the radius of gyration you can choose any group you like.<br>For the persistence length the programs compares directions of vectors between<br>consecutive atoms in the index group, so you usually want only atoms in the main chain<br>for that (no hydrogens etc).<br><br>As the manual says, the selected group is split into molecules, it will always analyze<br>every molecule separately and average the results.<br><br>Berk <br><br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Group     0 (      PE60-1) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     1 (      PE60-2) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     2 (      PE60-3) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     3 (      PE60-4) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     4 (      PE60-5) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     5 (      PE60-6) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     6 (      PE60-7) has   362 elements<br>&gt; &gt; Group     7 (      PE60-8) has   362 elements<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thank you<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               </body>
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