Hi there,<div><br></div><div>I am trying:</div><div><br></div><div>~/Downloads/gromacs-4.5.1/build% cmake -DGMX_OPENMM=ON ..</div><div><br></div><div><div>~/Downloads/gromacs-4.5.1/build% make mdrun</div><div>[  1%] Building NVCC (Device) object src/kernel/gmx_gpu_utils/./gmx_gpu_utils_generated_memtestG80_core.cu.o</div>

<div>[  1%] Building NVCC (Device) object src/kernel/gmx_gpu_utils/./gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>Scanning dependencies of target gmx_gpu_utils</div><div>Linking CXX shared library libgmx_gpu_utils.dylib</div>

<div>Undefined symbols:</div><div>  &quot;_gmx_strncasecmp&quot;, referenced from:</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>  &quot;_debug&quot;, referenced from:</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      do_timed_memtest(int, int)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>      do_full_memtest(int)  in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      do_quick_memtest(int)  in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>  &quot;_trim&quot;, referenced from:</div><div>

      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div>

<div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>      is_supported_cuda_gpu(int, char*)in gmx_gpu_utils_generated_gmx_gpu_utils.cu.o</div><div>ld: symbol(s) not found</div>

<div>collect2: ld returned 1 exit status</div><div>make[3]: *** [src/kernel/gmx_gpu_utils/libgmx_gpu_utils.dylib] Error 1</div><div>make[2]: *** [src/kernel/gmx_gpu_utils/CMakeFiles/gmx_gpu_utils.dir/all] Error 2</div><div>

make[1]: *** [src/kernel/CMakeFiles/mdrun.dir/rule] Error 2</div><div>make: *** [mdrun] Error 2</div><div><br></div><div>Same thing with gmx from git. Any idea? Thanks.</div><div><br></div>Alan<br>-- <br>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<br>

Department of Biochemistry, University of Cambridge. <br>80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<br>&gt;&gt;<a href="http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</a>&lt;&lt;<br>
</div>