<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>Tsjerk, <br><br>the original file did not contain OXT, as you can see, it has O1 &amp;
O2, so I removed the O2 from the PDB and renamed O1 to OXT.<br><br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2841&nbsp; HG&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.270&nbsp; 89.566&nbsp; -4.957&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2842&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.867&nbsp; 92.922&nbsp; -7.562&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2843&nbsp; O1&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -26.993&nbsp; 93.593&nbsp; -7.927&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2844&nbsp; O2&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.611&nbsp; 93.156&nbsp; -8.027&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2845&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LYS B 284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.431 108.789&nbsp; 63.478&nbsp; 1.00&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2846&nbsp; H1&nbsp; LYS B 284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.779 109.339&nbsp; 64.238&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br><br><br><br>sed -i '/^ATOM.*O2/d' DIMER.pdb<br><br>Am i going wrong here....?<br><br>the original PDB file is here : <br><br>http://www.4shared.com/account/file/bTulGDPs/DIMER_FINAL.html<br><br>Best,<br>nahren<br><br>--- On <b>Tue, 9/7/10, Tsjerk Wassenaar <i>&lt;tsjerkw@gmail.com&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Tsjerk Wassenaar &lt;tsjerkw@gmail.com&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx -chainsep vs -merge<br>To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Date: Tuesday, September 7, 2010, 12:22 PM<br><br><div id="yiv3027789">Hi Nahren,<br><br>Can you paste your actual command
 line where you used sed?<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br><div class="yiv3027789gmail_quote">On Tue, Sep 7, 2010 at 12:11 PM, nahren manuel <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:meetnahren@yahoo.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=meetnahren@yahoo.com">meetnahren@yahoo.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="yiv3027789gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit; -x-system-font: none;" valign="top">
Dear Gromacs Users,<br><br>thanks for all your suggestions. <br><br>Tsjerk, I did try your idea, but unfortunately doesn't seem to work.<br><br>the pdb file is shared here : <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.4shared.com/account/file/ijofD83b/DIMER.html">http://www.4shared.com/account/file/ijofD83b/DIMER.html</a><br>
<br>newpdb2gmx -f DIMER.pdb -chainsep interactive -ignh <br><br>Fatal error:<br>Atom OXT in residue CYS 283 was not found in rtp entry CYS with 11 atoms<br>while sorting atoms.<br>.<br><br><br>Part of the file is pasted below:<br>
<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2836&nbsp; N&nbsp;&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27.431&nbsp; 91.636&nbsp; -6.099&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2837&nbsp; H&nbsp;&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -27.855&nbsp; 90.779&nbsp; -6.392&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2838&nbsp; CA&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -26.033&nbsp; 91.780&nbsp; -6.514&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2839&nbsp; CB&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.500&nbsp; 90.433&nbsp; -7.060&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2840&nbsp; SG&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.121&nbsp; 89.114&nbsp; -5.829&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; S<br>
ATOM&nbsp;&nbsp; 2841&nbsp; HG&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -24.270&nbsp; 89.566&nbsp; -4.957&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2842&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -25.867&nbsp; 92.922&nbsp; -7.562&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2843&nbsp; OXT CYS R 283&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -26.993&nbsp; 93.593&nbsp; -7.927&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2845&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LYS B 284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.431 108.789&nbsp; 63.478&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 2846&nbsp; H1&nbsp; LYS B 284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.779 109.339&nbsp; 64.238&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
ATOM&nbsp;&nbsp; 2847&nbsp; H2&nbsp; LYS B 284&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.156 109.392&nbsp; 62.730&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br><br><br>Best,<br>nahren<br><br>--- On <b>Tue, 9/7/10, Tsjerk Wassenaar <i>&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;</i></b> wrote:<br>
<blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Tsjerk Wassenaar &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank" href="/mc/compose?to=tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] pdb2gmx -chainsep vs -merge<br>
To: "Discussion list for GROMACS users" &lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>Date: Tuesday, September 7, 2010, 11:14 AM<br><br><div><div><div></div><div class="yiv3027789h5">
Hi,<br><br>&gt; One work-around for the -chainsep situation you've observed is to remove or rename the terminal oxygen atoms (OXT) that pdb2gmx is complaining about when it tries to merge the chains. It should be taking care of that itself, but handling it yourself might help. pdb2gmx can probably rebuild the carboxyl oxygen. Keeping (one of the) OXT atoms and renaming it to "O" (keeping the fixed-column format correct) might be needed.<br>
<br>There should be only one OXT per chain. Removing those seems like a good idea:<br><br>sed -i '/^ATOM.*OXT/d' file.pdb<br>(Remove all lines starting with ATOM and containing OXT, in the file)<br><br>Hope it helps,<br>
<br>Tsjerk<br><br><br>--<br>Tsjerk A.
 Wassenaar, Ph.D.<br><br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology /<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br></div></div>--<div class="yiv3027789im">
<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></td></tr></tbody></table><br>

      <br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology / <br>University of Groningen<br>The Netherlands<br>
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div></blockquote></td></tr></table><br>