<html><head><base href="x-msg://252/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>This has been fixed with Berk's commit&nbsp;c06ee471...</div><div>The error was not related to GB, but rather a combination of domain decomp.+nm+cut-offs.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>/Per</div><div><br></div><br><div><div>6 sep 2010 kl. 11.38 skrev Ehud Schreiber:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1" style="page: WordSection1; "><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Dear GROMACS users,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I am encountering a couple of issues when trying to perform normal mode analysis in an implicit solvent (GBSA) setting.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I am using version 4.5.1 with double precision; unfortunately I do not have the single precision version installed for comparison.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The starting point is a small protein which was energy minimized in two stages, also in double precision and with GBSA, producing “em2” files. The mdp file used for the normal mode analysis is the following:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">----------------- nm.mdp -------------------------<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = nm<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">implicit_solvent = GBSA<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still ; the default<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 ; must be equal to rlist<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">------------------------------------------------------- &nbsp;<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The command used is<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">grompp_d -f nm.mdp -p topol.top -c em2.gro -t em2.trr -o nm.tpr<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">which ran fine except for the following note:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">NOTE 1 [file nm.mdp]:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp; You are using a plain Coulomb cut-off, which might produce artifacts.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp; You might want to consider using PME electrostatics.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Then, I tried to run<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">mdrun_d -v -nice 0 -deffnm nm<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">However, the command seems to be stuck, and the following serious warning is produced:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Warning: 1-4 interaction between 64 and 71 at distance 3.114 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">These are ignored for the rest of the simulation<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">This usually means your system is exploding,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">if not, you should increase table-extension in your mdp file<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">or with user tables increase the table size<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Maximum force: 3.48709e+06<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Maximum force probably not small enough to ensure that you are in an<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">energy well. Be aware that negative eigenvalues may occur when the<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">resulting matrix is diagonalized.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The em2.gro is definitely not having such a large distance between atoms 64 and 71:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6GLN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; 64&nbsp;&nbsp; 1.879&nbsp;&nbsp; 1.895&nbsp;&nbsp; 2.423<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6GLN&nbsp;&nbsp;&nbsp; OE1&nbsp;&nbsp; 71&nbsp;&nbsp; 2.047&nbsp;&nbsp; 1.715&nbsp;&nbsp; 2.642<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">which are only about 0.346 nm apart. Also, the energy minimization, which used the same options, mutatis mutandis,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">---------------------- em2.mdp ----------------------------------<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cg<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 40<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">implicit_solvent = GBSA<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Still ; the default<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0 ; must be equal to rlist<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">---------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">converged to machine precision having a much smaller maximum force:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Stepsize too small, or no change in energy.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Converged to machine precision,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">but not to the requested precision Fmax &lt; 10<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Polak-Ribiere Conjugate Gradients converged to machine precision in 0 steps,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">but did not reach the requested Fmax &lt; 10.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Potential Energy&nbsp; = -2.71868395521758e+04<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.63436548427712e+02 on atom 584<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.25296847735530e+02<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">The other problem arises when I try to follow the grompp_d note above and change in nm.mdp to<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = pme<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I then have a fatal error:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">ERROR 1 [file nm.mdp]:<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp; With GBSA, coulombtype must be equal to Cut-off<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Am I doing something wrong or are there still some problems in the new GBSA option of version 4.5.1?<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><o:p>&nbsp;</o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Thanks,<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Ehud Schreiber.<o:p></o:p></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; margin-left: 0in; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">&nbsp;&nbsp;<o:p></o:p></div></div>--<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.gromacs.org/search</a><span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="Apple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br></body></html>