<br><br>----- Original Message -----<br>From: nahren manuel &lt;meetnahren@yahoo.com&gt;<br>Date: Tuesday, September 7, 2010 7:16<br>Subject: [gmx-users] pdb2gmx -chainsep vs -merge<br>To: gromacs gromacs &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Gromacs Users,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Has anybody merged all chains in a PDB file using -chainsep. because -chainsep does not<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>seem to work.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg33192.html<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is there a alternate way of doing it ?, <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>One way I could think of is to add the atoms numbers in the&nbsp; topologies.<br><br>One work-around for the -chainsep situation you've observed is to remove or rename the terminal oxygen atoms (OXT) that pdb2gmx is complaining about when it tries to merge the chains. It should be taking care of that itself, but handling it yourself might help. pdb2gmx can probably rebuild the carboxyl oxygen. Keeping (one of the) OXT atoms and renaming it to "O" (keeping the fixed-column format correct) might be needed.<br><br>Mark<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font></td></tr></tbody></table>