Hi,<br><br>I am running an npt simulation on alanine dipeptide in explicit solvent using charmm forcefield and tip3p.<br><br>The pressure is set to 1bar and the barostat is Parrinello-Rahman. The simulation has been running for 45 ns and has not achieved the target average pressure of 1 bar.<br>

<br>I don;t understand why is this the case.<br><br>My mdp file:<br><br>; RUN CONTROL PARAMETERS<br>integrator               = md<br>dt                       = 0.002<br>nsteps                   = 500000<br><br>; OUTPUT CONTROL OPTIONS<br>

nstxout                  = 0                    ; No output, except for last frame (coordinates)<br>nstvout                  = 0                    ; No output, except for last frame (velocities)<br>nstfout                  = 0                    ; No output, except for last frame (forces)<br>

nstlog                   = 5000                ; Write every step to the log<br>nstenergy                = 5000                    ; Write energies at every step<br>xtc_grps                 = Protein SOL<br>nstxtcout                = 5000                    ; Do not write a compressed trajectory<br>

energygrps               = Protein SOL  ; Write energy information separately for these groups<br><br>; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<br>nstlist                  = 5<br>ns-type                  = Grid<br>pbc                      = xyz<br>

rlist                    = 0.9<br><br>; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<br>coulombtype              = PME<br>fourierspacing           = 0.15<br>rcoulomb                 = 0.9<br>vdw-type                 = Cut-off<br>rvdw                     = 1.0<br>

<br>; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used =<br>fourier_nx               = 0<br>fourier_ny               = 0<br>fourier_nz               = 0<br>; EWALD/PME/PPPM parameters =<br>pme_order                = 4<br>

ewald_rtol               = 1e-05<br>epsilon_surface          = 0<br>optimize_fft             = no<br>; Temperature coupling<br>tcoupl                   = nose-hoover<br>tc-grps                  = Protein  Non-Protein<br>
tau_t                    = 0.2      0.2<br>
ref_t                    = 300      300<br><br>; Pressure coupling<br>Pcoupl                   = Parrinello-Rahman<br>Pcoupltype               = Isotropic<br>tau_p                    = 1.0<br>compressibility          = 4.5e-5<br>

ref_p                    = 1.0<br><br>; OPTIONS FOR BONDS<br>constraints              = all-bonds<br><br><br>Pooja<br><br><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>