<br><div><br></div><div>I would like to calculate the inter- and intra-molecular radial distribution functions separately.  I have read through g_rdf -h many times and I have a few questions:</div><div><br></div><div>1.  I think that I may have to modify a trp file (and not use it for the simulations) by setting the nrexcl to the number of bonds I would like the calculation to exclude.  I cannot figure out where in the tpr file I should add the nrexcl term.  I have tried to sort through the manual to figure out how to make this modification but I cannot figure it out.  Does anyone have any suggestions?</div>
<div><br></div><div>2.  In D.56 g_rdf of the Gromacs manual it says that the option -surf can be used along with -rdf to only calculate the rdf of a molecule with its closest neighbor in a set.  Can this option be used for calculating the intramolecular radial distribution function or am I completely misinterpreting the manual?  If it can be used how is this done?  I tried to use it but I get the error message:  Invalid command line argument:</div>
<div>-surf</div><div><br></div><div>Thank you in advance for any help.</div><div><br></div><div>Emily</div>