<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;saipooja@gmail.com&gt;<br>Date: Sunday, September 5, 2010 8:19<br>Subject: [gmx-users] Tables and forcefield parameters<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ques1:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have 3 energy groups.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am interested in using tables for LJ and coulomb&nbsp; interactions for Group1-group2 interactions. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>For all other interactions:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1) Group1-group1 -all interactions-bonded and non-bonded<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  2) Group2-group2 -all interactions -bonded and non-bonded<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>3) All possible combinations for group3<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I want to use gromacs defined standard energy functions.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>For all other types of interactions, e.g. 1-4 pair interactions and bonded interactions I would like to use gromacs defined interactions. <br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>And for all these cases, I am still looking to use parameters defined by the forcefield. I would like to specify that I am will be using a functional form in the tables differing from coulomb and 6-12 LJ interactions by a numeric constant.<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Is it possible? If not entirely, which is possible? Any suggestions on which part might be easier to program?<br><br>You just take the normal table and multiply the values in it by the constant. Then use that table for the energygrp_table entry for the appropriate groups. No coding required. Manual 6.7.2 points you at some starting points for tables to modify.<br><br>Mark