Hi,<br><br>Please do not cross-post your mailing list questions to individuals unless they have solicited your inquiries. I know nothing about QMMM/MOPAC :-)<br><br>The best I can suggest is that you haven't made the MOPAC libs available in the default linking path. Please consult whatever installation documentation exists for this GROMACS/MOPAC hybrid.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: vidhya sankar &lt;scvsankar_agr@yahoo.com&gt;<br>Date: Wednesday, September 8, 2010 15:27<br>Subject: [gmx-users] reg compilation problem in Mopac gromacs<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear sir, </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>thanks in advance</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;<span lang="EN">When i type the following command in gromacs directory</span></div> <div><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>./configure --with-qmmm-mopac --disable-float</strong></div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>it configure successfully</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>but when i compile by<strong> make command</strong> i got the following error at the end of my compilation</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>　</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>libs/libgmxpreprocess_d.a ../mdlib/.libs/libmd_d.a /root/gromacs-4.0.5/src/gmxlib/.libs/libgmx_d.a ../gmxlib/.libs/libgmx_d.a -lnsl -lfftw3 -lm -lmopac -ltest </div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../mdlib/.libs/libmd_d.a(qm_mopac.o): In function `call_mopac_SH':</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>qm_mopac.c:(.text+0x2a7): undefined reference to `domop_'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../mdlib/.libs/libmd_d.a(qm_mopac.o): In function `call_mopac':</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>qm_mopac.c:(.text+0x70b): undefined reference to `domop_'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../mdlib/.libs/libmd_d.a(qm_mopac.o): In function `init_mopac':</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>qm_mopac.c:(.text+0x964): undefined reference to `domldt_'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>collect2: ld returned 1 exit status</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[3]: *** [grompp] Error 1</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[3]: Leaving directory `/root/gromacs-4.0.5/src/kernel'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[2]: *** [all-recursive] Error 1</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[2]: Leaving directory `/root/gromacs-4.0.5/src'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[1]: *** [all] Error 2</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make[1]: Leaving directory `/root/<strong>gromacs-4.0</strong>.5/src'</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>make: *** [all-recursive] Error 1</div> <div><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>What should i do to avoid this error? i am expecting your reply</strong><strong></strong></div><span lang="EN"> <div><strong><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>also when i use ./configure --without-qmmm-mopac --disable-float it compiles successfully</strong></div></span></td></tr></tbody></table><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists