<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">

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    <p style="margin: 0px;"><span></span></p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      On September 9, 2010 at 10:04 PM &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt; wrote:<br />
      <br />
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      &gt; TJ Mustard wrote:<br />
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      &gt; &lt;snip&gt;<br />
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      &gt; &gt; *Positional restraint mdp file:*<br />
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      &gt; Unless you&#39;re using virtual sites (which, per your commands below, you are not)<br />
      &gt; this time step is inappropriately large and is a likely source of instability.<br />
      &gt; With plain constraints, 2 fs is more appropriate.<br />
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Yes I usually run at 2 fs. I was actually running a huge batch of these at varying time steps and with or without -heavyh.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      &gt; &gt; &gt; nsteps&#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; = 2500 ; total ps = dt*nsteps<br />
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      &gt; &gt; ; Berendsen temperature coupling is on<br />
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      &gt; Also a major concern - never couple solvent and ions separately!&#160; See here:<br />
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      &gt; http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats<br />
      &gt;
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Yes I have since switched to a Protein Non-protein setting.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      &gt; &gt; ref_t&#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160; &#160;= 310&#160; &#160; &#160; &#160;310&#160; 310&#160; &#160;310&#160; &#160;310<br />
      &gt; &gt; ; Pressure coupling is on<br />
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      &gt; &gt; *main molecular dynamics mdp file:*<br />
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    <p style="margin: 0px;">&gt; Restraints during data collection, or did you paste the wrong file?</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Yeah that will be fixed asap.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      &gt; &gt; &lt;snip&gt;<br />
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      &gt; &gt; ; Generate velocities is on at 310K (core body temp)<br />
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      &gt; Re-generating velocities after equilibration defeats the whole purpose of<br />
      &gt; equilibrating.&#160; Per your commands below, you are not preserving the velocities<br />
      &gt; (grompp -t with .trr or .cpt file) obtained during your PR equilibration.<br />
      &gt;
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Yeah that will be fixed asap.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
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      &gt; &gt; *And my script for running the whole process:*<br />
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      &gt; &gt; pdb2gmx -f receptor.pdb -o receptor.gro -p receptor.top<br />
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      &gt; &gt; *Here I select the SOL for ions...*<br />
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      &gt; &gt; *Where receptor is of course my protein/RNA pdb name*<br />
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      &gt; &gt; I always make sure that the pdb doesn&#39;t give me notes or warnings or<br />
      &gt; &gt; errors of course in the pdb2gmx step. Most of the time I minimize to my<br />
      &gt; &gt; computers &quot;machine precision.&quot;<br />
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      &gt; &gt; *This is the return I get from the &quot;EM&quot; step:*<br />
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      &gt; &gt; Stepsize too small, or no change in energy.<br />
      &gt; &gt; Converged to machine precision,<br />
      &gt; &gt; but not to the requested precision Fmax &lt; 200<br />
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      &gt; &gt; Double precision normally gives you higher accuracy.<br />
      &gt; &gt; You might need to increase your constraint accuracy, or turn<br />
      &gt; &gt; off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file)<br />
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      &gt; &gt; writing lowest energy coordinates.<br />
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      &gt; &gt; Steepest Descents converged to machine precision in 324 steps,<br />
      &gt; &gt; but did not reach the requested Fmax &lt; 200.<br />
      &gt; &gt; Potential Energy&#160; = -1.9868888e+07<br />
      &gt; &gt; Maximum force&#160; &#160; &#160;=&#160; 8.7276396e+03 on atom 19080<br />
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      &gt; This is a very high Fmax, indicating that you have bad clashes in your system<br />
      &gt; that, when combined with the parameters above, surely leads to an unstable<br />
      &gt; system.&#160; The fact that Gromos96 works is a bit curious, but you have too many<br />
      &gt; potential pitfalls listed here to specifically diagnose the difference based on<br />
      &gt; this information alone.<br />
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      &gt; -Justin<br />
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Thank you. I will be making these changes and running the batch again very soon. If I hit the same issues I will post again.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      &gt; &gt; &gt; Norm of force&#160; &#160; &#160;=&#160; 3.8592850e+01<br />
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      &gt; &gt; *I will get this error sometime in the &quot;PR&quot; step of my script:*<br />
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      &gt; &gt; step 0<br />
      &gt; &gt; Step 11&#160; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.03087 1.03087 1.03087<br />
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      &gt; &gt; Step 11&#160; Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.03087 1.03087 1.03087<br />
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      &gt; &gt; Step 22, time 0.088 (ps)&#160; LINCS WARNING<br />
      &gt; &gt; relative constraint deviation after LINCS:<br />
      &gt; &gt; rms 0.005723, max 0.026407 (between atoms 6545 and 6542)<br />
      &gt; &gt; bonds that rotated more than 30 degrees:<br />
      &gt; &gt;&#160; atom 1 atom 2&#160; angle&#160; previous, current, constraint length<br />
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      &gt; &gt; On September 9, 2010 at 9:11 PM &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;jalemkul@vt.edu&gt; wrote:<br />
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