<br><br>----- Original Message -----<br>From: Javier Cerezo &lt;jcb1@um.es&gt;<br>Date: Thursday, September 9, 2010 3:17<br>Subject: [gmx-users] dihedrals potential as a expansion of cosine funtions<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi all.<br>&gt; <br>&gt; I am a bit confused about how GROMACS handles multiply defined <br>&gt; interactions in the top file. Concretely, I see from the lipid <br>&gt; parameters (POPC) from Kukol (JCTC, 5:615, updated in <br>&gt; http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-<br>&gt; May/050647.html ) that when defining several times an <br>&gt; interaction it is sum up. However, it was also stated by Mark <br>&gt; Abraham that just the last definition in the top file is taken <br>&gt; into account (http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-<br>&gt; January/025316.html):Quote:<br>&gt; <br>&gt; &lt;&lt;<br>&gt; For purposes of GROMACS, a bonded function is defined by the <br>&gt; function type<br>&gt; (an integer) and the set of atoms to which it applies. See table 5.4.<br>&gt; There may only be one instance of a given function type for a <br>&gt; given set of<br>&gt; atoms. grompp will take the last such function that it finds. <br>&gt; Thus you<br>&gt; cannot have multiple periodic dihedral functions on the same <br>&gt; four atoms,<br>&gt; even if their multiplicity varies.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Could anyone help me with that? How will GROMACS-4 interpret <br>&gt; multiply defined interaction?<br><br>GROMACS behaves differently when looking up parameters for a dihedral function from the [dihedraltypes] than when assembling dihedral functions whose parameters are already supplied in [dihedrals]. (Some time since 2007 you will find a post from Berk that corrects me on this point :-)) The GROMOS forcefields use the latter method via the gb_xx cpp macros. These add. You can verify this simply by adding a duplicate of a single [dihedral] and observing that the Step 0 energy will change.<br><br>Normal [dihedraltypes] of the same "kind" do not add, except for type 9 (introduced in GROMACS 4.5) which caters to aspects of CHARMM and AMBER force fields.<br><br>Now that I think about it, perhaps a sentence is needed in the manual treating this case. Will check there.<br><br>Mark