<br><br>----- Original Message -----<br>From: Baofu Qiao &lt;qiaobf@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, September 10, 2010 18:38<br>Subject: [gmx-users] question about the format of [atomtypes] in        ffnonbond.itp<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br> <span><p>  <table><tbody><tr><td text="#000000" bgcolor="#ffffff"><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Hi all,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I just realized the the format of defining the <b>atom-name</b> in [atomtypes] section in ffnonbond.ipt in different forcefields are different. such as<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> 1. oplsaa.ff/<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> [ atomtypes ]<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; name&nbsp; bond_type</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.75000e-01&nbsp; 4.39320e-01 ; SIG<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> 2. charmm27.ff (similar as amber99.ff and gromos53a6.ff)<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> [ atomtypes ]<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>;name&nbsp;&nbsp; at.num&nbsp;</b> mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp; epsilon<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.51&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.356359487256&nbsp; 0.46024<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> 3. Martini FF<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> [ atomtypes ]<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>; name </b>mass charge ptype c6 c12<br> <b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>P5</b> 72.0 0.000 A 0.0 0.0<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I wonder how gromacs deals with these difference smartly? And if I want to write my force field files,&nbsp; what should I pay attention to this difference?</p><p><br></p><p>grompp does a bunch of black-magic sscanf manipulation, inferring things from the number of entries on lines and whether they are numbers or whatever. You don't want to know :-)</p><p><br></p><p>For design purposes, matching any of them is probably fine. charmm27 looks like a reasonable compromise between information and noise. I can't think of an application for grompp knowing an atomic number, but it can't hurt.</p><p><br></p><p>Mark<br></p></td></tr></tbody></table></p></span>