<br><br>----- Original Message -----<br>From: Carla Jamous &lt;carlajamous@gmail.com&gt;<br>Date: Friday, September 10, 2010 19:15<br>Subject: [gmx-users] Protein out of the box (not PBC problem)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi everyone,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>please I can't figure out how to do this:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have a trajectory with water. If I concatenate it, since I have a FAT32 file system, it's a file too large! So I'm trying to avoid this.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>For that, I extracted my protein (it's a dimer) from each step of my simulation (when doing that, I did -pbc nojump and then I fit) and then concatenated all the steps, to obtain the whole trajectory with only the protein. When I watch my trajectory with VMD, I suspect that the distance between the monomers is larger than the dimension of my box.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> I'm sure that it's not a PBC problem, because I already did trjconv -pbc nojump. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>So my question is: is there a way to check if my protein is coming out of the box, without having to watch the whole trajectory with water molecules, because I can't do that.<br><br>If you still have a box defined, then VMD can show that. Open the Tk console and enter "pbc box". You can also get VMD to show some periodic images - probably in the Representations.<br><br>Maybe you want -center, or -fit progressive at some stage. trjconv has a million options... something will probably render things how you'd like them :-) Check out trjconv -h, of course.<br><br>Mark