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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You should use the release-4-5-patches branch.<br>After git clone do:<br><pre wrap="">git branch --track release-4-5-patches origin/release-4-5-patches<br>git checkout release-4-5-patches<br><br>Berk<br></pre>&gt; Date: Thu, 9 Sep 2010 19:38:00 -0400<br>&gt; From: kdaly@princeton.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Overflow problem with test-particle insertion<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; Thank you for taking the time to fix the issue. I would be very<br>&gt; interested in testing out the modified code, but unfortunately I have<br>&gt; had some difficulties compiling the Gromacs code obtained straight<br>&gt; from GIT. In particular, I encounter the following error:<br>&gt; <br>&gt; ~/gromacs/src/tools/gmx_membed.c:1095: error: expected declaration<br>&gt; specifiers or ‘...’ before ‘gmx_global_stat_t’<br>&gt; <br>&gt; If you are curious to see the log and CMake cache files from the<br>&gt; build, I sent them in a previous email to the list (though the text of<br>&gt; the message somehow got scrubbed). I could also just patch the<br>&gt; relevant parts of version 4.5.1 and test that out. If this would be<br>&gt; feasible, then what specific lines should I modify?<br>&gt; <br>&gt; -Kevin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Date: Thu, 9 Sep 2010 17:19:36 +0200<br>&gt; &gt; From: Berk Hess &lt;gmx3@hotmail.com&gt;<br>&gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] Overflow problem with test-particle insertion<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt; Message-ID: &lt;COL113-W1513821AC701A1763B351B8E730@phx.gbl&gt;<br>&gt; &gt; Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I realized now that this is an SSE issue.<br>&gt; &gt; Normally you would get NAN (or is it INF?). That is treated correctly in the GROMACS TPI code.<br>&gt; &gt; But in SSE a float "wraps around" when it overflows, which could, in very few cases, lead to a reasonably<br>&gt; &gt; looking energy value (I check for very high and very low values).<br>&gt; &gt; I found that you can check for overflows in SSE and committed a fix for 4.5.2.<br>&gt; &gt; I also filled the first 10 points (up to r=0.02 nm) of the potential/force tables, these used to be zero.<br>&gt; &gt; These values are only relevant for energy minimization or TPI with extreme atomic overlap.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; From: gmx3@hotmail.com<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; Subject: RE: [gmx-users] Overflow problem with test-particle insertion<br>&gt; &gt; Date: Thu, 9 Sep 2010 09:39:42 +0200<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; This is an interesting issue.<br>&gt; &gt; The chance is quite small that this happens, but maybe not negligible.<br>&gt; &gt; In single precision the maximum a float can store is 2^127.<br>&gt; &gt; This gives a minimum distance of (2^127)^-1/12 = 6.5e-4 nm.<br>&gt; &gt; The chance of inserting a particle within this radius is dens*3e-10,<br>&gt; &gt; where dens is the number of particles per nm^3.<br>&gt; &gt; A typical density of LJ particles is 30 per nm^3, which leads to a chance of 1e-8.<br>&gt; &gt; Such insertion numbers can be reached, so we probably have to worry about this.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; However, in your example the distance seems to be around 4e-3, which would<br>&gt; &gt; give r^-12 = 6e28. This still fits in a float and should not cause problems.<br>&gt; &gt; So we should make sure we understand what's going on here.<br>&gt; &gt; Could you file a bugzilla with the files to reproduce this and which insertion<br>&gt; &gt; is the problematic one?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I so two possible solutions:<br>&gt; &gt; Force tabulated potentials with TPI, this can currently be achieved by setting<br>&gt; &gt; the environment variable GMX_FORCE_TABLES<br>&gt; &gt; Or require double precision.<br>&gt; &gt; But I think both solutions would lead to about 40% lower performance.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Date: Wed, 8 Sep 2010 21:16:46 -0400<br>&gt; &gt; From: kdaly@princeton.edu<br>&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] Overflow problem with test-particle insertion<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Hello Gromacs users,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I sent a message to the list in June describing what appeared to be a float overflow issue with the energy calculation for test-particle insertions: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-June/052213.html.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I have recently tried the test-particle insertion mode in Gromacs-4.5.1, and it seems the problem is still there. Does anyone know how to work around or fix this problem without using tabulated potentials?<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -Kevin<br>&gt; &gt;<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               </body>
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