<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I guess you have nstlist=0.<br>Try the fix below.<br><br>Berk<br><br><br>diff --git a/src/kernel/md.c b/src/kernel/md.c<br>index dd92d51..225a4bb 100644<br>--- a/src/kernel/md.c<br>+++ b/src/kernel/md.c<br>@@ -1859,7 +1859,7 @@ double do_md(FILE *fplog,t_commrec *cr,int nfile,const t_filenm fnm[],<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * or at the last step (but not when we do not want confout),<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; * but never at the first step or with rerun.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; */<br>-&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bCPT = (((gs.set[eglsCHKPT] &amp;&amp; bNS) ||<br>+&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bCPT = (((gs.set[eglsCHKPT] &amp;&amp; (bNS || ir-&gt;nstlist == 0)) ||<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (bLastStep &amp;&amp; (Flags &amp; MD_CONFOUT))) &amp;&amp;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step &gt; ir-&gt;init_step &amp;&amp; !bRerunMD);<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; if (bCPT)<br><br><hr id="stopSpelling">From: gmx3@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] Checkpoint files not being written<br>Date: Fri, 10 Sep 2010 17:58:33 +0200<br><br>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">
<style>
.ExternalClass .ecxhmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.ecxhmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}

</style>


Hi,<br><br>Do you have no cut-off's and nstlist set to 0?<br>That's the only case where I could see that checkpoints are missing.<br>If that's the case, please file a bugzilla so we don't forget to fix this for 4.5.2.<br><br>PS -cpnum has nothing to do with this.<br>I guess it's the bCPT = assignment in md.c that only gets set at NS steps or the last step.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Fri, 10 Sep 2010 11:08:26 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Checkpoint files not being written<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Hi All,<br>&gt; <br>&gt; I don't know if this is a new (intended) feature or a bug, so I figured I'd ask <br>&gt; :)  I'm running version 4.5.1 to do some implicit solvent simulations.  What <br>&gt; I've noticed is that, no matter how long the simulation runs, I only ever get a <br>&gt; checkpoint file at the end of the simulation, and thus the checkpoint interval <br>&gt; (which I have left at the default value of 15) is ignored.  All the simulations <br>&gt; I've done are sufficiently long (at least one hour) such that they should have <br>&gt; produced checkpoint files according to this interval.<br>&gt; <br>&gt; Could this issue be related to the introduction of the -cpnum flag, which is set <br>&gt; to "no" by default?  I've poked around a bit in the mdrun code, but I easily <br>&gt; lose my place trying to trace what's going on.  I've tried specifically adding <br>&gt; -cpnum to my mdrun command line, but still I am not receiving any intermediate <br>&gt; checkpoint files at the requested -cpt interval.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               
<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists                                               </body>
</html>