
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Hi all,<br>

<br>

I just realized the the format of defining the <b>atom-name</b> in

[atomtypes] section in ffnonbond.ipt in different forcefields are

different. such as<br>

1. oplsaa.ff/<br>

[ atomtypes ]<br>

<b>; name&nbsp; bond_type</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

epsilon<br>

<b>&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3.75000e-01&nbsp; 4.39320e-01 ; SIG<br>

<br>

2. charmm27.ff (similar as amber99.ff and gromos53a6.ff)<br>

[ atomtypes ]<br>

<b>;name&nbsp;&nbsp; at.num&nbsp;</b> mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp; epsilon<br>

<b>C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;</b>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.51&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.356359487256&nbsp;

0.46024<br>

<br>

3. Martini FF<br>

[ atomtypes ]<br>

<b>; name </b>mass charge ptype c6 c12<br>

<b>P5</b> 72.0 0.000 A 0.0 0.0<br>

<br>

I wonder how gromacs deals with these difference smartly? And if I want

to write my force field files,&nbsp; what should I pay attention to this

difference?<br>

<br>

best wishes,<br>

Baofu Qiao<br>

<br>

<br>

</body>

</html>