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I'm new to gmx so I'm just seeing if I'm able to make homoblock polypeptides.&nbsp; I would like to simulate a 5 residue polyglycine.&nbsp; I've used PRODRG to generate the pdb file, however trying to convert the file with pdb2gmx I receive the error:<br><br>Fatal error:<br>Residue 'Y' not found in residue topology database<br><br>My pdb file is:<br><br><br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.600&nbsp; -2.350&nbsp; -0.400&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.250&nbsp; -1.400&nbsp;&nbsp; 0.340&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.850&nbsp; -1.490&nbsp;&nbsp; 1.520&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.330&nbsp;&nbsp; 0.010&nbsp; -0.240&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.620&nbsp;&nbsp; 0.630&nbsp;&nbsp; 0.130&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.800&nbsp;&nbsp; 1.640&nbsp;&nbsp; 1.000&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.910&nbsp;&nbsp; 2.110&nbsp;&nbsp; 1.230&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.600&nbsp;&nbsp; 2.240&nbsp;&nbsp; 1.730&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.160&nbsp;&nbsp; 3.460&nbsp;&nbsp; 1.030&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.510&nbsp;&nbsp; 4.720&nbsp;&nbsp; 1.320&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.050&nbsp;&nbsp; 5.670&nbsp;&nbsp; 0.680&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.510&nbsp;&nbsp; 4.990&nbsp;&nbsp; 2.460&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.640&nbsp;&nbsp; 5.790&nbsp;&nbsp; 1.950&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.930&nbsp;&nbsp; 5.680&nbsp;&nbsp; 2.300&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.800&nbsp;&nbsp; 6.390&nbsp;&nbsp; 1.810&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.340&nbsp;&nbsp; 4.640&nbsp;&nbsp; 3.360&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.800&nbsp;&nbsp; 5.360&nbsp;&nbsp; 4.570&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.330&nbsp;&nbsp; 4.810&nbsp;&nbsp; 5.670&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.640&nbsp;&nbsp; 5.500&nbsp;&nbsp; 6.640&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.550&nbsp;&nbsp; 3.300&nbsp;&nbsp; 5.730&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.990&nbsp;&nbsp; 3.000&nbsp;&nbsp; 5.660&nbsp; 1.00 20.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>END<br><br>I'm not sure what I could be doing wrong since I pretty much mimicked the speptide.pdb in the tutor file.<br><br>Thanks for the help,<br>Joe.<br>                                               </body>

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