<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br>&gt; I guess your pdb file has been damaged by a text editor (Word?). PDB <br>&gt; files are fixed format, you can not add or remove spaces at will. You <br>&gt; could try clicking together a peptide in Pymol or so, or drop the prodrg <br>&gt; output in Notepad (if you're on Windows). On mac or linux it should be <br>&gt; straightforward with text editors.<br><br><br>I copied the PRODRG PDB into vim, changed HETATM to ATOM and DRG to GLY and renumbered the residues.&nbsp; I really don't understand what I could have done wrong.&nbsp; Can you get the file to convert with pdb2gmx?<br>                                               </body>
</html>