<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; If you simple replace HETATM with ATOM, i.e.:<br>&gt; <br>&gt; :1,$s/HETATM/ATOM/<br>&gt; <br>&gt; you shift all columns left by two characters.  This is probably why, instead of <br>&gt; reading GLY, pdb2gmx is reading Y only.  The proper replacement would be:<br>&gt; <br>&gt; :1,$s/HETATM/ATOM  /<br>&gt; <br>&gt; Note the two trailing spaces after ATOM.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br><br>Justin, adding the two spaces did the job.&nbsp; Thanks<br>                                               </body>
</html>