<br><br>----- Original Message -----<br>From: manoj singh &lt;mks.amber@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, September 13, 2010 11:17<br>Subject: Re: [gmx-users] PBS script<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>:)<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am basically a Charmm and Amber user and I have used Gromacs 3.X coupe of years ago. Now, for some reason I need to use Gromacs-4.x again. My old PBS script is not working anymore for this newer version for Gromacs. I just wanted to see if there is anything&nbsp; special required for the newer version for Gromacs and that is way I wanted to see a working script.&nbsp; <br><br>OK, that's a bit different from someone wanting a script for the PBS side of things :-) The use of checkpoint files for restarts and no longer needing grompp -np for parallel runs are the two major changes. Search the GROMACS webpage for more discussion here.<br><br>Mark