<br><br>----- Original Message -----<br>From: ABEL Stephane 175950 &lt;Stephane.ABEL@cea.fr&gt;<br>Date: Monday, September 13, 2010 2:59<br>Subject: [gmx-users] charmm to gromacs nonbonded parameters after conversion<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi GMX users,<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; I would like to perform MD with new developped CHARMM parameters <br>&gt; in GROMACS. Since these parameters are new, they are not <br>&gt; presents in the ffcharm*.itp files&nbsp; given in the of <br>&gt; charmm27.ff in the latest GMX distribution. So I have already <br>&gt; made the conversions for the bonded parameters. In case of the <br>&gt; nonbonded parameters, I have added the LJ values for the new <br>&gt; atom types at the end of the&nbsp; NONBONDED section of a <br>&gt; "par_all_27_lipid.prm" file downloaded from the CHARMM website. <br>&gt; To convert the LJ values in GROMACS format, I used the perl <br>&gt; script of M. Abraham :&nbsp; convert_charmm_to_gromacs.pl <br>&gt; (v.1.3) as follow : <br>&gt; &nbsp;<br>&gt; perl convert_charmm_to_gromacs.pl&nbsp; par_all27_lipid.prm<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; I obtain the ffcharmm.itp and ffcharmmnb.itp files as expected. <br>&gt; In the ffcharmmnb.itp the [ atomtypes ] section is present but <br>&gt; not the [ pairtypes ] section. Moreover the values in the&nbsp; <br>&gt; [ atomtypes ]&nbsp; are different compared to same file given in <br>&gt; latest GMX distrib (see below). Why these differences ?<br>&gt; ----- My ffcharmmnb.itp file <br>&gt; [ atomtypes ]<br>&gt; ;name mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge <br>&gt; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<br>&gt; ....<br>&gt; &nbsp;CTL1 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A -<br>&gt; 0.001485 -6.588e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &nbsp;CTL2 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A -<br>&gt; 0.001978 -4.173e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &nbsp;CTL3 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A -<br>&gt; 0.003011 -6.944e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &nbsp;CTL5 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A -<br>&gt; 0.003274 -8.007e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &nbsp;CEL1 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A -<br>&gt; 0.003035 -8.095e-06<br>&gt; ....<br>&gt; ------ GROMACS 4.5.1&nbsp; ffcharmmnb.itp<br>&gt; <br>&gt; [ atomtypes ]<br>&gt; ;name at.num mass charge ptype sigma epsilon<br>&gt; ....<br>&gt; CTL1 6 12.01100 0.14 A 0.405358916754 0.08368 <br>&gt; CTL2 6 12.01100 0.05 A 0.358141284692 0.234304<br>&gt; CTL3 6 12.01100 -0.27 A 0.363486677001 0.326352 <br>&gt; CTL5 6 12.01100 -0.35 A 0.367050271874 0.33472<br>&gt; CEL1 6 12.01100 -0.15 A 0.372395664183 0.284512 <br>&gt; .....<br>&gt; Thank in advance for your halp <br><br>As the column headings note, the GROMACS 4.5 CHARMM27 uses sigma-epsilon VDW parameters, and my script converted to c6-c12 parameters. As you will see in the appropriate equations in chapter 3 or 4 of the manual, such numbers will be wildly different, but should produce the same energies and forces.<br><br>Mark