<br><br>----- Original Message -----<br>From: ABEL Stephane 175950 &lt;Stephane.ABEL@cea.fr&gt;<br>Date: Monday, September 13, 2010 18:06<br>Subject: [gmx-users] RE&nbsp;: gmx-users Digest, Vol 77, Issue 71<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Thank you Mark for your response<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; If understand well, I should only to copy these additional the <br>&gt; values in the [atomtypes] section of the ffcharmmnb.itp file <br>&gt; without others modifications/corrections. It is correct ?<br><br>No, the two styles will not co-operate, because the kind of parameters are fixed by the combination rule in force. You'll have to convert something by hand.<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt; I would like to perform MD with new developped CHARMM parameters<br>&gt; &gt; in GROMACS. Since these parameters are new, they are not<br>&gt; &gt; presents in the ffcharm*.itp files&nbsp; given in the of<br>&gt; &gt; charmm27.ff in the latest GMX distribution. So I have already<br>&gt; &gt; made the conversions for the bonded parameters. In case of the<br>&gt; &gt; nonbonded parameters, I have added the LJ values for the new<br>&gt; &gt; atom types at the end of the&nbsp; NONBONDED section of a<br>&gt; &gt; "par_all_27_lipid.prm" file downloaded from the CHARMM website.<br>&gt; &gt; To convert the LJ values in GROMACS format, I used the perl<br>&gt; &gt; script of M. Abraham :&nbsp; convert_charmm_to_gromacs.pl<br>&gt; &gt; (v.1.3) as follow :<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; perl convert_charmm_to_gromacs.pl&nbsp; par_all27_lipid.prm<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I obtain the ffcharmm.itp and ffcharmmnb.itp files as expected.<br>&gt; &gt; In the ffcharmmnb.itp the [ atomtypes ] section is present but<br>&gt; &gt; not the [ pairtypes ] section. Moreover the values in the <br>&gt; &gt; [ atomtypes ]&nbsp; are different compared to same file given in<br>&gt; &gt; latest GMX distrib (see below). Why these differences ?<br>&gt; &gt; ----- My ffcharmmnb.itp file<br>&gt; &gt; [ atomtypes ]<br>&gt; &gt; ;name mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge<br>&gt; &gt; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&gt; c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<br>&gt; &gt; ....<br>&gt; &gt;&nbsp; CTL1 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>&gt; -<br>&gt; &gt; 0.001485 -6.588e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &gt;&nbsp; CTL2 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>&gt; -<br>&gt; &gt; 0.001978 -4.173e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &gt;&nbsp; CTL3 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>&gt; -<br>&gt; &gt; 0.003011 -6.944e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &gt;&nbsp; CTL5 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>&gt; -<br>&gt; &gt; 0.003274 -8.007e-06 ; -0.000252 -3.793e-07<br>&gt; &gt;&nbsp; CEL1 12.011000&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A <br>&gt; -<br>&gt; &gt; 0.003035 -8.095e-06<br>&gt; &gt; ....<br>&gt; &gt; ------ GROMACS 4.5.1&nbsp; ffcharmmnb.itp<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; [ atomtypes ]<br>&gt; &gt; ;name at.num mass charge ptype sigma epsilon<br>&gt; &gt; ....<br>&gt; &gt; CTL1 6 12.01100 0.14 A 0.405358916754 0.08368<br>&gt; &gt; CTL2 6 12.01100 0.05 A 0.358141284692 0.234304<br>&gt; &gt; CTL3 6 12.01100 -0.27 A 0.363486677001 0.326352<br>&gt; &gt; CTL5 6 12.01100 -0.35 A 0.367050271874 0.33472<br>&gt; &gt; CEL1 6 12.01100 -0.15 A 0.372395664183 0.284512<br>&gt; &gt; .....<br>&gt; &gt; Thank in advance for your halp<br>&gt; <br>&gt; As the column headings note, the GROMACS 4.5 CHARMM27 uses sigma-<br>&gt; epsilon VDW parameters, and my script converted to c6-c12 <br>&gt; parameters. As you will see in the appropriate equations in <br>&gt; chapter 3 or 4 of the manual, such numbers will be wildly <br>&gt; different, but should produce the same energies and forces.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; &nbsp;&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists