hi i have 20 coordinates in the .gro file from PRODRG server where as i have only 6 atom coordidates in the .top file this file also i got from PRODRG. below i am giving both my .top file as well as .gro file for hexane. do i manually edit the .top file from PRODRG to match the coordinates, if so how?.my worry again is when i give this command <br>
<br>genbox -cp hexane_box.gro -ci hexane_box.gro -p hexane.top -o hexane_multi.gro -nmol 100 -seed 1997<br><br>the .top file doesn&#39;t get updated with more number (say 101) of hexane molecules in the molecules section.kindly advice me on this point.<br>
<br>hexane.top<br><br>#include &quot;ffG43a1.itp&quot;<br><br>[ moleculetype ]<br>; Name nrexcl<br>hexane      3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass<br>     1       CH3     1  DRG     CAA     1   -0.018  15.0350   <br>
     2       CH2     1  DRG     CAB     1    0.011  14.0270   <br>     3       CH2     1  DRG     CAC     1    0.008  14.0270   <br>     4       CH2     1  DRG     CAD     1    0.009  14.0270   <br>     5       CH2     1  DRG     CAE     1    0.009  14.0270   <br>
     6       CH3     1  DRG     CAF     1   -0.019  15.0350   <br><br>[ bonds ]<br>; ai  aj  fu    c0, c1, ...<br>   2   1   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAB  CAA   <br>   2   3   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAB  CAC   <br>
   3   4   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAC  CAD   <br>   4   5   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAD  CAE   <br>   5   6   2    0.153   7150000.0    0.153   7150000.0 ;   CAE  CAF   <br>
<br>[ pairs ]<br>; ai  aj  fu    c0, c1, ...<br>   1   4   1                                           ;   CAA  CAD   <br>   2   5   1                                           ;   CAB  CAE   <br>   3   6   1                                           ;   CAC  CAF   <br>
<br>[ angles ]<br>; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...<br>   1   2   3   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAA  CAB  CAC   <br>   2   3   4   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAB  CAC  CAD   <br>   3   4   5   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAC  CAD  CAE   <br>
   4   5   6   2    109.5       520.0    109.5       520.0 ;   CAD  CAE  CAF   <br><br>[ dihedrals ]<br>; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...<br>   4   3   2   1   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAD  CAC  CAB  CAA   <br>
   5   4   3   2   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAE  CAD  CAC  CAB   <br>   6   5   4   3   1      0.0    5.9 3      0.0    5.9 3 ; dih   CAF  CAE  CAD  CAC<br><br>; Include SPC water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>[ system ]<br>hexane in water<br><br>[ molecules ]<br>;molecule name number<br>hexane         101<br>SOL              1764<br><br>hexane.gro<br>PRODRG COORDS<br>   20<br>    1DRG  CAA      1   0.684  -0.063   1.332<br>
    1DRG  HAA      2   0.684   0.013   1.254<br>    1DRG  HAB      3   0.583  -0.075   1.371<br>    1DRG  HAC      4   0.724  -0.158   1.295<br>    1DRG  CAB      5   0.778  -0.021   1.445<br>    1DRG  HAD      6   0.776  -0.098   1.522<br>
    1DRG  HAE      7   0.744   0.077   1.479<br>    1DRG  CAC      8   0.923  -0.003   1.396<br>    1DRG  HAF      9   0.950  -0.087   1.332<br>    1DRG  HAG     10   0.985   0.007   1.485<br>    1DRG  CAD     11   0.940   0.127   1.316<br>
    1DRG  HAH     12   0.913   0.211   1.380<br>    1DRG  HAI     13   0.878   0.117   1.227<br>    1DRG  CAE     14   1.085   0.145   1.267<br>    1DRG  HAJ     15   1.087   0.222   1.190<br>    1DRG  HAK     16   1.118   0.047   1.232<br>
    1DRG  CAF     17   1.179   0.186   1.380<br>    1DRG  HAM     18   1.149   0.284   1.418<br>    1DRG  HAN     19   1.281   0.191   1.342<br>    1DRG  HAL     20   1.168   0.108   1.456<br>   0.84818   0.84818   0.84818<br>
<br>Regards<br>Vinoth  <br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 13, 2010 at 4:26 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
vinothkumar mohanakrishnan wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
i want to do MD for hexane-water system. I got hexane.gro and hexane..itp from PRODRG 2.5 Beta server with that i made the hexane.top file. below is the serious of commands i executed in gromacs, i am adding 200 hexane molecules an 1115 water molecules. after the first genbox i checked my topolgy file wheather the no .of hexane molecules got updated r increased to 200 but it doesn&#39;t and remains as 1 and then i maually changed it to 200 in the molecules section. i dont know where <br>

</blockquote>
<br></div>
Per your genbox command below, if you have one hexane (in hexane_box.gro) and you add 200 (with -nmol), you should then have 201 hexane molecules in the system.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
iam going wrong and i always get the error message as &quot; number of coordinates in coordinate file (hexane_solv.gro, 7365) does not match topology (hexane.top, 4545) &quot; while running grompp for energy minimisation. i read the error gromacs (website) documentation and found that the hexane.top r hexane.gro file is not getting updated, but iam helpless. any help is highly appreciated. below is my topology file as well.<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
Follow my previous advice and see if you can trace back where the error came from.  Count the molecules in your .gro file, i.e.:<br>
<br>
grep OW hexane_solv.gro | wc -l<br>
<br>
will give you the number of water molecules.  Do something analogous for hexane.  You&#39;re off by 2820 atoms, which is in the ballpark of 940 waters, so something has broken down pretty badly somewhere.<br>
<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
; The force field files to be included<br>
#include &quot;ffG43a1.itp&quot;<br>
<br>
; Include hexane topology<br>
#include &quot;hexane.itp&quot;<br>
<br>
; Include SPC water topology<br>
#include &quot;spc.itp&quot;<br>
<br>
[ system ]<br>
hexane in Water<br>
<br>
[ molecules ]<br>
;molecule name number<br>
hexane         200<br>
SOL              1115<br>
*<br>
Commands*<br>
<br>
 editconf -f hexane.gro -o hexane_box.gro -c -bt triclinic -box 8.31 3.01 3.01<br>
<br>
genbox -cp hexane_box.gro -ci hexane_box.gro -p hexane.top -o hexane_multi.gro -nmol 200 -seed 1997<br>
<br>
genbox -cp hexane_multi.gro -cs spc216.gro -p hexane.top -o hexane_solv.gro<br>
<br>
grompp -f em.mdp -c hexane_solv.gro -p hexane.top -o hexane_em.tpr<br>
<br>
Regards<br>
Vinoth<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>