
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">

Hi,<br>

<br>

The HO atom type was in the working directory .itp file.<br>

How can I let the grompp work from searching the library of the working directory, not like this:<br>

<br>

grompp -v -f minim.mdp -c dummy.pdb -p topol.top -o dummy.tpr<br>

<br>

<br>

checking input for internal consistency...<br>

processing topology...<br>

Opening library file /usr/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>

Generated 165 of the 1596 non-bonded parameter combinations<br>

<br>

-------------------------------------------------------<br>

Program grompp, VERSION 4.0.7<br>

Source code file: ../../../../src/kernel/toppush.c, line: 947<br>

<br>

Fatal error:<br>

Atomtype HO not found<br>

-------------------------------------------------------<br>

<br>

Do I need add something in minim.mdp? Or maybe just some parts wrong I do not realise.<br>

<br>

Thanks and best regards,<br>

<br>

lina<br>

</div>

</body>

</html>