<br><br>----- Original Message -----<br>From: Ramachandran G &lt;gtrama@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, September 14, 2010 12:39<br>Subject: [gmx-users] atom type parameters<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear gmx-users:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am trying to get the topology for a chromophore exist in the Green fluoresent protein.&nbsp; Although to some extent i got success in building the parameters in the 'ff*.rtp' file,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>i got struck in building 'atom type parameter' ( ff*.atp). I am trying to use Charmm force field. Can anyone help me. Thank you.<br><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"></font>Your request is a bit open-ended... You will need a thorough knowledge of chapter 5 of the manual. People may be able to help you if you show what you did, explain what you wanted and why you think it didn't work.<br><br>Mark