<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users:<br><br>I have a problem when I try to run g_helix in Gromacs 4.0.5.<br><br>I have two systems, each one containing a peptide, both with the same number of aminoacids; however, in one of them, most of the AA residues are not usual (in fact, they are post-translationally modified; thus, to run the MD simulations, I modified ffG43a1.rtp - aminoacids.dat - ffG43a1.hdb, to include its parameters).<br><br>Both simulations worked fine! When I try to run g_helix in the first run (with common AAs), everything goes fine:<br>There are 15 residues<br>There are 13 complete backbone residues (from 2 to 14)<br><br>However, when I do it in the other simulation, it gives me such error:<br>There are 15 residues<br>There are 0 complete backbone residues (from 0 to 136679032)<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program g_helix,
 VERSION 4.0.5<br>Source code file: hxprops.c, line: 389<br><br>Fatal error:<br>rnr==0<br>-------------------------------------------------------<br><br>How can I solve this puzzle?<br><br>Thanks in advance,<br>Laércio Pol-Fachin</td></tr></table><br>



      &nbsp;