<br><br>----- Original Message -----<br>From: TJ Mustard &lt;mustardt@onid.orst.edu&gt;<br>Date: Tuesday, September 14, 2010 10:54<br>Subject: [gmx-users] FEP top file setup...<br>To: "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>  <span xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><p>        <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">     <title></title>   <table><tbody><tr><td><p>     </p><p style="margin: 0px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am tryng to run free energy perturbation (FEP) calculations on several ligands in several proteins. My problem is getting the correct B state atoms and charges for AMBER forcefields. If anyone can point me in the correct direction, that would be great.</p>      <p style="margin: 0px;">&nbsp;</p>      <p style="margin: 0px;">I have read the Free Energy Tutorial from the Dill group wiki and found it very informative on how I should set up the top file and the experiment as a whole. But I can't seem to get the jobs to run correctly. I am assuming that the top file is incorrectly setup as the jobs run with lambda = 0.</p></td></tr></tbody></table></p></span><br>It sounds to me more like your&nbsp; .mdp might be wrong. Check out the FE section of manual 7.3<br><br>Mark