<br><br>----- Original Message -----<br>From: vidhya sankar &lt;scvsankar_agr@yahoo.com&gt;<br>Date: Wednesday, September 15, 2010 16:22<br>Subject: [gmx-users] reg grompp error in QM/MM of mopac&nbsp; gromacs<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear sir/Madam&nbsp; thanks in Advance<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i wanted to do QM/MM for simple peptide .i have edited my topology files as given in the manual i also include the Link atom(LA) under [DUMMIES2] secction of my topology&nbsp; .but when i run the following grompp command<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>./grompp_d&nbsp; -f em.mdp -c spep_b4em.gro -p spep.top -o spep_em.tpr<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I got the error as follows<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.29#<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>checking input for internal consistency...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>processing topology...<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6.itp<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Program grompp_d,  VERSION 4.0.7<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Source code file: topdirs.c, line: 99<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Fatal error:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Invalid pairs type 0<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>the suggestions are highly appericiated<br><br>Something's wrong with your topology. We can't guess what based on this information. Reread the instructions and check that your modifications to your .top comply.<br><br>Mark<br></td></tr></tbody></table>