<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear sir/Madam&nbsp; thanks in Advance<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i wanted to do QM/MM for simple peptide .i have edited my topology files as given in the manual i also include the Link atom(LA) under [DUMMIES2] secction of my topology&nbsp; .but when i run the following grompp command<br>./grompp_d&nbsp; -f em.mdp -c spep_b4em.gro -p spep.top -o spep_em.tpr<br>I got the error as follows<br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.29#<br>checking input for internal consistency...<br>processing topology...<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp_d,
 VERSION 4.0.7<br>Source code file: topdirs.c, line: 99<br><br>Fatal error:<br>Invalid pairs type 0<br>-------------------------------------------------------<br>the suggestions are highly appericiated</td></tr></table><br>